Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF) Część II ‒ algorytmy scoringu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2011, Vol 17, Issue 3
Abstract
Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.
Authors and Affiliations
Hanna Kamińska, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70285
- DOI -
- Views 81
- Downloads 0
Trening regulacji emocji a radzenie sobie ze stresem zawodowym
W pracy opisano trening regulacji emocji oraz jego wpływ na radzenie sobie ze stresem zawodowym. Badaniami objęto 120 kobiet (60 w grupie eksperymentalnej i 60 w grupie kontrolnej). Zmiennymi zależnymi były style i strat...
Kształt krzywizn przednio-tylnych kręgosłupa w płaszczyźnie strzałkowej dziewcząt uprawiających piłkę ręczną
Celem pracy była ocena kształtu krzywizn kręgosłupa u 112 dziewcząt o różnym stopniu aktywności fizycznej. Grupę badawczą stanowiły dziewczęta – piłkarki ręczne w wieku 8-17 lat należące do Klubu Piłki Ręcznej Kobierzyce...
Ocena zaawansowania choroby próchnicowej zębów stałych za pomocą urządzeń Diagnodent i Diagnodent Pen 2190
Diagnodent to laserowe urządzenie diagnostyczne, służące do wykrywania patologicznych zmian szkliwa i zębiny w obrębie bruzd na powierzchniach stycznych oraz gładkich. Aparat ten wykorzystuje zjawisko fluorescencji. Cyfr...
PRÓBA STWORZENIA KRYTERIÓW OCENY FUNKCJI CHODU Z WYKORZYSTANIEM PLATFORMY PDM-S
Chód, jako podstawowa forma lokomocji, jest przedmiotem zainteresowań i wielu opracowań, począwszy od patologii chodu po sport wyczynowy. Badaniu podlegają różne aspekty chodu, takie jak np.: długość i częstotliwość krok...
Stymulacja rdzenia kręgowego w leczeniu bólu przewlekłego
Jednym ze sposobów leczenia bólu przewlekłego jest procedura neuromodulacyjna – stymulacja rdzenia kręgowego (spinal cord stimulation SCS). Istnieje wiele teorii wyjaśniających mechanizm jej działania, ale nie jest on os...