A high-throughput virtual screening in Grid for new tubulin-targeted inhibitors of plant fungal pathogens
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Aim. To select new tubulin-targeted inhibitors of plant fungal pathogens based on results of high-throughput virtual screening in Grid. Methods. Protein and ligand spatial structure modelling (I-Tasser, Grid), design and virtual screening ligands library (UCSF Dock 6, Grid), molecular docking (CCDC Gold), molecular dynamics simulation (Gromacs, Grid). Results. 240 structural models of tubulin molecules (82 α-, 111 β- and 47 γ-tubulin) from 62 species of phytopathogenic fungi were constructed. It was found that imidazole ligands, demonstrate strongest affinity to α- and β-tubulin. It was found that among α-, β- and γ-tubulin, taxol binding site of β-tubulin possess the strongest potential as the fungicidal drugs target. It was selected 50 leader compounds: 23 with affinity for GTP/GDF-exchange site and 27 with affinity for taxol-binding site. Conclusions. It was found, that in phytopathogenic fungi, taxol binding site of β-tubulin are the main fungicid drug target (in compare to other tubulin site or isotype). The highest affinity was predicted for the compounds F0478-0219, F0478-0166 and β-tubulin from Puccinia graminis f. sp. Tritici, as well as for the compound F0478-0385 and β-tubulin from Magnaporthe oryzae. Keywords: pathogenic fungi, fungicides, tubulin, virtual screening, Grid.
Authors and Affiliations
П. А. Карпов, О. М. Демчук, О. В. Раєвський, С. П. Ожерєдов, С. І. Співак, Д. О. Самофалова, Я. Б. Блюм
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618804
- DOI -
- Views 42
- Downloads 0
The combination of NO donor and ferulic acid effect on the elicitation of Triticum aestivum tolerance against Septoria tritici
Aim. The aim is to research the ability of enhancing ferulic acid effect as a biotic elicitor to induce tolerance of winter wheat plants against Septoria tritici Rob et Desm. leaf blotch infection by addition donor of NO...
Показатели естественного отбора в Харьковской популяции
Цель. Репродуктивное поведение женщин имеет особое значение в воспроизводстве населения и зависит от культурных особенностей и религиозных взглядов. Количество родов и медицинских абортов становится искусственно регулиру...
Визначення стійкості азотфіксувальних мікроорганізмів ґрунту Еквадору до токсичних металів (CrO42–, Ni2+, Cu2+)
Мета. Метою роботи було визначення стійкості азотфіксувальних мікроорганізмів, ізольованих із ризосфери бромелії (Еквадор), до дії токсичних металів. Методи. Мікроорганізми ізолювали на поживному середовищі Ешбі. Отриман...
Рівень плоїдності рослин-регенерантів тритикале, отриманих шляхом селекції in vitro на стійкість до абіотичних стресів
Мета. Проаналізувати рівень плоїдності рослин-регенерантів тритикале озимого, отриманих шляхом селекції in vitro на стійкість до осмотичного та сольового стресів. Методи. Методами цитологічного аналізу та проточної цитом...
The frequency of genetic factors of thrombophilia in women with recurrent pregnancy losses
Aim. There is growing evidence that recurrent pregnancy losses (RPL) are associated with the presence of inherited thrombophilias but data are inconsistent. The present study aimed to assess the distribution of inherited...