Dijital PZR ve kullanım alanları (Digital PCR and applications)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 2
Abstract
ÖZET Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), DNA kompleks havuzundan spesifik bir DNA parçasını çoğaltmaya olanak sağlayan basit, etkin ve özellikle moleküler biyoloji alanında yaygın olarak kullanılan enzimatik bir tekniktir. PZR tekniğinin keşfinden günümüze kadar gelişen teknolojiyle birlikte pek çok PZR tekniği ortaya çıkmıştır. Bu tekniklerden bazıları Gerçek Zamanlı PZR, Kantitatif PZR, Ters Transkriptaz PZR, Nested PZR ve Multipleks PZR dir. Günümüze kadar geliştirilmiş PZR tekniklerinin çeşitli zorlukları yüzünden PZR tekniklerinin kullanım alanını genişletmek ve daha ileri seviye PZR teknikleri bulmak araştırmacıların birinci önceliği haline gelmiştir. Nadir mutasyonların, kopya sayısı varyasyonlarındaki ufak değişikliklerin, gen ifadesi değişiklikleri arasındaki farklılıkların veya metilasyon durumunun değerlendirilmesine izin veren yeni bir yöntem olarak dijital PZR (dPZR) teknolojisi geliştirilmiştir. Dijital PZR, DNA kopya sayısının hassas ölçümü için PZR bazlı yeni bir tekniktir ve örnekleri az sayıda seyrelterek çok sayıda PZR gerçekleştirmeye olanak sağlar ve her birinde ayrı ayrı PZR gerçekleşen çok sayıda küçük bölümlere sahiptir. Aynı zamanda dPZR; şu an çok az miktardaki genetik materyalin miktarını dakikalar içinde tespit etme performansıyla birçok nicel yöntemleri geride bırakmıştır. Tek molekülü sayma stratejisi sayesinde bu yöntem yüksek hassasiyet gösterebilmektedir. Güvenilirlik ve tekrarlanabilirlik düzeyi oldukça yüksek bir yöntem olmasıyla da dikkat çekmektedir. Bu derleme, digital PZR yönteminin günümüze kadar olan süreçteki gelişimine ve ilerleyen günlerde çözüm bulunması gereken eksik yönlerine dikkat çekmeyi amaçlamaktadır. ABSTRACT Polymerase chain reaction (PCR), is a simple, effective and widely used enzymatic technic especially in the field of molecular biology which provides the opportunity to amplify a specific DNA fragment from DNA complex pool. Several PCR techniques such as realtime PCR, quantitative and qualitative PCR, Reverse Transcriptase PCR, Nested PCR and multiplex PCR have been developed since the first invention of PCR. Due to the various difficulties of the PCR techniques developed so far, widening the application fields and finding out more advanced level of PCR techniques have become the first priority of the researchers. Digital PCR (dPCR) technology has been developed as a new method to permit the evaluation of the small changes in the copy number variations of the rare mutations, differences between the gene expression changes or state of methylation. Digital PCR is a PCR based new technique for the sensitive measurement of number of DNA copies, it provides opportunity to do large number of PCR with a few number of sample dilution and it has so many small compartments where seperate PCRs are executed in each. At the same time, dPCR leaves some of the quantitative methods behind with the performance of determining the quantity of small amount of genetic material within seconds. This method shows high sensitivity with the strategy of counting single molecule. It also attracks the attention as a method having quite a high reliability and repeatability level. This review aims to give insight for dPCR development history and the possible difficulties came across in its application.
Authors and Affiliations
Ahmet ÇARHAN, Elif ERCAN, Tuğba YALÇINKAYA
Keywords
Related Articles
- EP ID EP490522
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.48902
- Views 147
- Downloads 0
Adıyaman İli Kâhta İlçesinde bir öğrenci yurdunda görülen gıda kaynaklı salgın, Şubat 2015 (A foodborne outbreak in a dormitory in Kahta district in Adıyaman province, February 2015)
Amaç: Adıyaman İli Kahta İlçesinde bir kız öğrenci yurdunda, 24 Şubat 2015 tarihinde akşam yemeğinden sonra öğrenciler, bulantı ve karın ağrısı şikâyetleri ile Kahta Devlet Hastanesi’ne başvurmuşlardır. Bu çalışma, gıda...
Ankara ve Konya illerine ait suların organoklorlu ve organofosforlu pestisitler yönünden değerlendirilmesi (Evaluation of organochlorine and organophosphate pesticides of waters in Ankara and Konya)
Amaç: Pestisitler; tarımsal üretimi olumsuz yönde etkileyen böcekler, kemiriciler, funguslar ve yabani otlar gibi zararlılara karşı kullanılan kimyevi maddelerdir. Suya taşınımı ise püskürtülmeleri esnasında etrafa yayıl...
Staphylococcus aureus suşlarında koagulaz testi için uygun sıcaklığın araştırılması (Investigation of optimum temperature for coagulase test in Stahylococcus aureus strains)
ÖZET Amaç: Mikrobiyoloji laboratuvarında etüvün ısısı önemlidir. Bakterilerin üretilmesinde ve antimikrobiyal duyarlılığının saptanmasında genellikle önerilen etüv ısısı 35±2 OC’dir. Bununla birlikte Staphylococcus aureu...
Kurşun maruziyetinin taranmasında saç ve idrar numunelerinin kullanılabilirliğinin araştırılması (Investigation of the hair and urine samples’ utility for screening lead poisoning)
Amaç: Bu çalışmanın amacı, eş zamanlı olarak bakılan tam kan, 24 saatlik idrar ve saç kurşun düzeylerinin birbiri ile karşılaştırılması ve kurşun maruziyetinin taranmasında saç ve idrar numunelerinin kullanılabilirliğini...
Çeşitli nörolojik hastalıklarda herpes simpleks virüs tip 1 pozitifliği (Herpes simplex virus type 1 positivity in various neurological diseases)
Amaç: Herpesvirüsler, immün yetmezliği olan ve olmayan çocuk ve yetişkinlerde görülen, önemli morbidite ve hatta mortalite ile seyredebilen çeşitli nörolojik hastalıklara yol açmaktadır. Bu virüsler ensefalit etiyolo...