Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga – analiza obrazu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 4
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70347
- DOI -
- Views 68
- Downloads 0
Altered tissue electrical properties in patients with cancers. Preliminary examinations
Malnutrition is a common condition in patients with advanced cancer. Nutritional deficits have a significant impact on mortality, morbidity and quality of life among those patients. Direct parameters (resistance, reactan...
Wykorzystanie widm dyfrakcyjnych Fresnela w diagnostyce mikrobiologicznej
Zaproponowano nową technikę pomiarową opartą na analizie zjawiska dyfrakcji światła na koloniach bakterii hodowanych na podłożach stałych w układzie optycznym ze zbieżną sferyczną wiązką oświetlającą. Hodowla bakterii na...
Ocena przydatności programu komputerowego Maruyamy WIN-ESTIMATE 2.5 do oceny przerzutów w węzłach chłonnych u chorych z rakiem żołądka
Celem pracy jest przedstawienie możliwości programu komputerowego WIN-ESTIMATE, stworzonego w 1984 r. przez Keichi Maruyamę – ordynatora oddziału chirurgii w Narodowym Szpitalu Onkologicznym w Tokio, a następnie zmodyfik...
Wpływ systematycznych ćwiczeń ruchowych na czynność mięśni kończyn dolnych u pacjentów z chorobą Parkinsona doniesienie wstępne
Cel pracy: Ocena wpływu ćwiczeń ruchowych na czynność mięśni działających na stawy kolanowe u pacjentów z chorobą Parkinsona. Grupa badana: 10 pacjentów (kobiet) z chorobą Parkinsona, średni wiek 72,9 lat (grupa badana),...
KSZTAŁCENIE INŻYNIERÓW BIOMEDYCZNYCH W ZAKRESIE UMIEJĘTNOŚCI PROJEKTOWANIA
Artykuł omawia ważną w dzisiejszych czasach potrzebę kształcenia umiejętności projektowania na studiach technicznych. Zajęcia projektowe stają się okazją do kształcenia kompetencji oraz do realizacji zadań w symulowanych...