Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga – analiza obrazu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 4
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70347
- DOI -
- Views 71
- Downloads 0
Antropomorficzny fantom dla obrazowania MRI całego ciała
Celem pracy było zbudowanie antropomorficznego fantomu rezonansu magnetycznego (MRI), do wspomagania oceny poprawności obrazowania całego ciała. Zespół studentów z Koła Naukowego Techniki w Medycynie oraz Koła Naukowego...
Ocena aktywności wybranej grupy mięśni na podstawie pomiaru zmian temperatury powierzchni ciała
W pracy analizowano możliwość oceny aktywności mięśni na podstawie pomiaru zmian temperatury bezpośrednio nad powierzchnią pracujących mięśni. Przedstawiono wyniki pomiaru zmian temperatury na powierzchni skóry nad grupą...
Zastosowanie analizy tekstury obrazu do oceny dynamiki prawidłowego przepływu wieńcowego w badaniu koronarograficznym
W pracy przedstawiono wstępne rezultaty przeprowadzonej próby oszacowania prawidłowego przepływu wieńcowego w oparciu o cyfrową analizę sekwencji standardowych obrazów koronarograficznych naczyń wieńcowych o różnej średn...
Ocena hałasu generowanego przez skanery rezonansu magnetycznego i jego wpływu na narząd słuchu – badania pilotażowe
W pracy przedstawiono wyniki badań hałasu wytwarzanego przez skanery rezonansu magnetycznego o indukcji magnetycznej 1,5 T. Wykazano dużą rozpiętość wartości ciśnienia akustycznego hałasu w zależności od rodzaju badania....
Wykorzystanie analizy składowych niezależnych do usuwania niepożądanych komponentów z sygnałów EEG
W artykule przedstawiono analizę składowych niezależnych (ICA) jako narzędzie do separacji i usuwania niepożądanych komponentów z zapisu EEG. Do wykrywania i usuwania artefaktów (mruganie powiek, artefakty mięśniowe) z d...