Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga – analiza obrazu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 4
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70347
- DOI -
- Views 62
- Downloads 0
Wpływ laseroterapii wysokoenergetycznej na proces zrostu kostnego
Laseroterapia wysokoenergetyczna HILT (High Intensity Laser Therapy) jest nowoczesną metodą fizykalną stosowaną w leczeniu schorzeń mięśniowo-szkieletowych. Energia świetlna znacznie przyspiesza metabolizm komórkowy i st...
Radiologia interwencyjna w onkologii: możliwości terapeutyczne leczenia nowotworów wątroby – pierwotnych oraz przerzutów do wątroby
Od niedawna radiologia interwencyjna znajduje zastosowanie również w onkologii. W artykule przedstawiono kilka relatywnie innowacyjnych technologii i technik stosowanych w terapii nowotworów pierwotnych wątroby oraz poch...
Diagnostyka i terapia kardiologiczna z wykorzystaniem nieinwazyjnej elektrostymulacji serca
W pracy przedstawiono możliwości diagnostyki i terapii kardiologicznej wykorzystującej techniki nieinwazyjnej elektrostymulacji serca, prowadzonej z użyciem wielofunkcyjnego urządzenia DiagnoStim MDD-501. Na przykładach...
Wykorzystanie biowchłanialnych implantów w leczeniu operacyjnym choroby zwyrodnieniowej kręgosłupa szyjnego
Wprowadzenie. W pracy przedstawiono własne, wstępne doświadczenia kompleksowego leczenia choroby zwyrodnieniowej kręgosłupa szyjnego: operacja z zastosowaniem implantów wchłanialnych wraz z fizjoterapią okołooperacyjną....
Oddziaływanie antybakteryjne nanocząstek srebra otrzymanych z surowców naturalnych
W artykule przedstawiono badania związane z antybakteryjnym oddziaływaniem nanocząstek srebra otrzymanych z wykorzystaniem ekstraktu z liści magnolii, jako reduktora Ag+; do Ag0;. Do scharakteryzowania otrzymanego nanosr...