Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga – analiza obrazu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 4
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70347
- DOI -
- Views 66
- Downloads 0
KOMPUTEROWY ALGORYTM BADANIA PROCESU PRZEBUDOWY TKANKI KOSTNEJ GĄBCZASTEJ
Proces remodelingu kości polega na ciągłych zmianach adaptacyjnych w strukturze kostnej. Zmiany te widoczne są zarówno w tkance zbitej, jak i gąbczastej. W tkance gąbczastej uwidaczniają się poprzez zmiany architektury l...
Badania drugiej fazy nad skutecznością i bezpieczeństwem długotrwałej powtarzalnej szybkoczęstotliwościowej przezczaszkowej stymulacji magnetycznej w terapii depresji
W artykule zaprezentowano wyniki badań klinicznych drugiej fazy nad bezpieczeństwem i efektywnością przezczaszkowej stymulacji magnetycznej (TMS – Transcranial Magnetic Stimulation) w porównaniu z terapią elektrowstrząso...
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF) Część I ‒ charakterystyka eksperymentu identyfikacji
Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymi...
Zastosowanie systemu automatycznej detekcji i usuwania fali sonomotorycznej z zapisu słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu
W pracy przedstawiono zastosowanie systemu automatycznej detekcji i usuwania artefaktów w postaci fali sonomotorycznej z zapisu słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu (ABR – Auditory Brainstem Responses). System te...
NAGRODA NOBLA W 2012 ROKU ZA PRZEŁOMOWE METODY EKSPERYMENTALNE UMOŻLIWIAJĄCE POMIAR I MANIPULACJĘ POJEDYNCZYCH UKŁADÓW KWANTOWYCH
W 2012 roku Nagrodę Nobla w dziedzinie fizyki otrzymali Serge Haroche i David J. Wineland „za przełomowe eksperymentalne metody, które umożliwiają pomiar i manipulację pojedynczych układów kwantowych”. Ich odkrycia pozwa...