Endüstriyel enzimler üreten Bacillus izolatlarının morfolojik, biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu (Morphological, biochemical and molecular characterization of Bacillus isolates as a producer of industrial enzymes)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2018, Vol 75, Issue 4
Abstract
Amaç: Bacillus cinsine ait türlerin tanımlanmasında türler arasındaki moleküler benzerliklerin fazla olması nedeniyle ayrım zorlaşmaktadır. Bu çalışma kapsamında, özellikle birbiriyle yakın akraba olan gruplar arasında karşılaştırma yaparak türlerin karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Moleküler tanımlaması yapılan ve fenotipik özellikleri belirlenen izolatların endüstriyel kullanımları da ayrıca irdelenmiştir. Yöntem: Kocaeli ilinin farklı bölgelerinden (Kocaeli Üniversitesi Kampüsü Kent Ormanı, Yuvacık Baraj Yolu üzerindeki tarlalar ve dere kenarı) alınan toprak örnekleri pastörizasyon işleminden sonra seri seyreltmeler hazırlanarak nutrient agar plaklara yayma ekim yapılmıştır. Bacillus benzeri koloniler morfolojik karakterlerine göre tek tek seçilip tekrar yayma ekimle saflaştırılmış ve numaralandırılmıştır. Bacillus cinsine ait olanlarda önce korunmuş bir gen bölgesi olan ve sınıflandırmada yaygın olarak kullanılan 16S ribozomal RNA (16S rRNA) gen dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Yakın akraba olanları birbirinden ayırmak için ilave moleküler (gyrB gen bölgesinin Sau3AI enzimi ile muamele edilmesi) ve biyokimyasal (seçici besiyerlerinde gelişme) analizler yapılmıştır. Filogenetik analizler NJ (neighbour joining) metodu ile gerçekleştirilmiştir. İzolatlar ayrıca fizyolojik özellikleri açısından karşılaştırılmıştır. Bulgular: İzolatlara ait yedi farklı Bacillus türü (Y1: B. cereus, Y7: B. pumilus, Y12: B. megaterium, Y13: B. methylotrophicus, Y15: B. subtilis, Y35: B. licheniformis ve Y38: B. sonorensis) tanımlanmış ve her bir izolatın fizyolojik özellikleri kaydedilmiştir. Buna göre tüm izolatlar 30 ila 45°C sıcaklık aralığında ve pH’sı 9 olan besi ortamında gelişme göstermiştir. Diğer yandan Y7, Y15, Y35 ve Y38 numaralı izolatlar 50°C’ye kadar olan sıcaklıklarda büyüme yeteneklerini korumuşlardır. Aralarında tuza en fazla tolerans gösterenin B. licheniformis olarak tanımlanmış olan Y35 numaralı izolat olduğu gözlenmiştir. Bu izolat yaklaşık %12 (w/v) oranında tuz içeren ortamda gelişebilmektedir. Tuza karşı duyarlılığı en fazla olan izolatlar ise B. cereus ve B. megaterium olarak tanımlanan Y1 ve Y12 numaralı izolatlar olup büyümelerinin %5’lik (w/v) NaCl’da durduğu kaydedilmiştir. Sonuç: Yapılan bu çalışmada izolatların tür tanımlanması için seçilen 16S rRNA ve gyrB gen bölgelerinin, Bacillus’ların moleküler düzeyde ayırımında kullanılabileceği gösterilmiştir. Gerçekleştirilen biyokimyasal testler, moleküler analiz bulgularını desteklemiştir. İzolatların sıcaklık, pH ve tuz toleransları endüstride hali hazırda kullanılan Bacillus’larla karşılaştırılmış ve birçoğunun benzer fizyolojik koşullarda gelişme gösterdiği gözlenmiştir. Diğer yandan, izolatlardan Y1’in literatürde rapor edilen B. cereus suşlarından daha geniş bir pH aralığında gelişme gösterdiği bulunmuştur. B. licheniformis olarak tanımlanmış Y35 izolatında gözlenen yüksek tuz konsantrasyonu (%12, w/v) içeren ortamlarda gelişebilme yeteneği ise toprak Bacillus’larında ilk defa bu çalışmada sunulmuştur. Sonuç olarak, Y1 ve Y35 başta olmak üzere tür tanımlaması yapılan tüm izolatların endüstriyel biyoteknoloji alanında özgün enzim ya da toksin üretimi, ilaç hammadde sentezi gibi veya benzeri çalışmaların yapılmasına olanak sağlayabilecekleri düşünülmektedir.
Authors and Affiliations
Yonca YÜZÜGÜLLÜ-KARAKUŞ, Arzu SERTEL, Fikriye POLAT
Keywords
Related Articles
- EP ID EP484879
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2018.87004
- Views 159
- Downloads 0
Kırmızı biberde aflatoksin oluşturmayan Aspergillus flavus izolatlarının belirlenmesi (Determination of Aspergillus flavus isolates that do not produce aflatoxin in red pepper)
Amaç: Türkiye’nin güneyinde yer alan Kahramanmaraş, kırmızı biber üretmek için geniş üretim alanlarına sahiptir. Kurutulmuş kırmızıbiber dünyada en çok üretilen baharattır ve kurutulmuş gıdalar en fazla mikotoksin bulaşı...
Aşı epidemiyolojisi: Aşı etkililiği için epidemiyolojik çalışma tasarımları (Vaccine epidemiology: Epidemiologic study designs for vaccine effectiveness)
ÖZET Yeterli etkinliği gösterilmiş ve lisans almış bir aşının bir toplumda uygulanmasıyla ilgili hastalıktan korunma düzeyi ideal olmayan saha koşullarında, gözlemsel epidemiyolojik çalışmalarla belirlenen ‘aşı etkililiğ...
Escherichia coli idrar izolatlarında sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile fosfomisin duyarlılığının belirlenmesi ve üriner sistem enfeksiyonlarında sık kullanılan diğer antibiyotiklerle karşılaştırılması (The determination of fosfomycin susceptibility with broth micro dilution method in urinary Escherichia coli isolates and comparison of sensitivity against other antibiotics frequency used in urinary tr
Amaç: Üriner sistem enfeksiyonları tüm dünyada en sık görülen enfeksiyonlar arasında yer almaktadır ve genellikle en sık görülen etken Escherichia coli’dir. Amerikan Enfeksiyon Hastalıkları Cemiyeti (The Infectious Disea...
Çorum Bölgesi kan bağışçılarında HBsAg, anti-HCV, HIV ve VDRL seropozitiflik oranları (Seropositivity rates of HBsAg, anti-HCV, HIV and VDRL in blood donors in Corum, Turkey)
ÖZET Amaç: Bu çalışmanın amacı, bir orta Anadolu şehri olan Çorum’da; kan bağışçılarında bakılması zorunlu enfeksiyon göstergeleri olan hepatit B yüzey antijeni (HBsAg), hepatit C virüsü antikoru (anti-HCV), insan immün...
Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarının yıllara göre antibiyotik direnci (Antibiotic resistance rates of Pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical specimens by years)
Amaç: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örneklerden izole edilen P. aeruginosa suşlarının 2011-2015 yıllarındaki antibiyotik direnç yüzdelerinin dağılımının saptanması amaçlanmıştır. Yöntem: P. aeruginos...