Endüstriyel enzimler üreten Bacillus izolatlarının morfolojik, biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu (Morphological, biochemical and molecular characterization of Bacillus isolates as a producer of industrial enzymes)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2018, Vol 75, Issue 4
Abstract
Amaç: Bacillus cinsine ait türlerin tanımlanmasında türler arasındaki moleküler benzerliklerin fazla olması nedeniyle ayrım zorlaşmaktadır. Bu çalışma kapsamında, özellikle birbiriyle yakın akraba olan gruplar arasında karşılaştırma yaparak türlerin karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Moleküler tanımlaması yapılan ve fenotipik özellikleri belirlenen izolatların endüstriyel kullanımları da ayrıca irdelenmiştir. Yöntem: Kocaeli ilinin farklı bölgelerinden (Kocaeli Üniversitesi Kampüsü Kent Ormanı, Yuvacık Baraj Yolu üzerindeki tarlalar ve dere kenarı) alınan toprak örnekleri pastörizasyon işleminden sonra seri seyreltmeler hazırlanarak nutrient agar plaklara yayma ekim yapılmıştır. Bacillus benzeri koloniler morfolojik karakterlerine göre tek tek seçilip tekrar yayma ekimle saflaştırılmış ve numaralandırılmıştır. Bacillus cinsine ait olanlarda önce korunmuş bir gen bölgesi olan ve sınıflandırmada yaygın olarak kullanılan 16S ribozomal RNA (16S rRNA) gen dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Yakın akraba olanları birbirinden ayırmak için ilave moleküler (gyrB gen bölgesinin Sau3AI enzimi ile muamele edilmesi) ve biyokimyasal (seçici besiyerlerinde gelişme) analizler yapılmıştır. Filogenetik analizler NJ (neighbour joining) metodu ile gerçekleştirilmiştir. İzolatlar ayrıca fizyolojik özellikleri açısından karşılaştırılmıştır. Bulgular: İzolatlara ait yedi farklı Bacillus türü (Y1: B. cereus, Y7: B. pumilus, Y12: B. megaterium, Y13: B. methylotrophicus, Y15: B. subtilis, Y35: B. licheniformis ve Y38: B. sonorensis) tanımlanmış ve her bir izolatın fizyolojik özellikleri kaydedilmiştir. Buna göre tüm izolatlar 30 ila 45°C sıcaklık aralığında ve pH’sı 9 olan besi ortamında gelişme göstermiştir. Diğer yandan Y7, Y15, Y35 ve Y38 numaralı izolatlar 50°C’ye kadar olan sıcaklıklarda büyüme yeteneklerini korumuşlardır. Aralarında tuza en fazla tolerans gösterenin B. licheniformis olarak tanımlanmış olan Y35 numaralı izolat olduğu gözlenmiştir. Bu izolat yaklaşık %12 (w/v) oranında tuz içeren ortamda gelişebilmektedir. Tuza karşı duyarlılığı en fazla olan izolatlar ise B. cereus ve B. megaterium olarak tanımlanan Y1 ve Y12 numaralı izolatlar olup büyümelerinin %5’lik (w/v) NaCl’da durduğu kaydedilmiştir. Sonuç: Yapılan bu çalışmada izolatların tür tanımlanması için seçilen 16S rRNA ve gyrB gen bölgelerinin, Bacillus’ların moleküler düzeyde ayırımında kullanılabileceği gösterilmiştir. Gerçekleştirilen biyokimyasal testler, moleküler analiz bulgularını desteklemiştir. İzolatların sıcaklık, pH ve tuz toleransları endüstride hali hazırda kullanılan Bacillus’larla karşılaştırılmış ve birçoğunun benzer fizyolojik koşullarda gelişme gösterdiği gözlenmiştir. Diğer yandan, izolatlardan Y1’in literatürde rapor edilen B. cereus suşlarından daha geniş bir pH aralığında gelişme gösterdiği bulunmuştur. B. licheniformis olarak tanımlanmış Y35 izolatında gözlenen yüksek tuz konsantrasyonu (%12, w/v) içeren ortamlarda gelişebilme yeteneği ise toprak Bacillus’larında ilk defa bu çalışmada sunulmuştur. Sonuç olarak, Y1 ve Y35 başta olmak üzere tür tanımlaması yapılan tüm izolatların endüstriyel biyoteknoloji alanında özgün enzim ya da toksin üretimi, ilaç hammadde sentezi gibi veya benzeri çalışmaların yapılmasına olanak sağlayabilecekleri düşünülmektedir.
Authors and Affiliations
Yonca YÜZÜGÜLLÜ-KARAKUŞ, Arzu SERTEL, Fikriye POLAT
Keywords
Related Articles
- EP ID EP484879
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2018.87004
- Views 135
- Downloads 0
Antibiotic resistance rates of Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii and Klebsiella pneumoniae isolated from a university-affiliated hospital in North Cyprus (Kuzey Kıbrıs’taki bir üniversite hastanesinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae bakterilerinin antibiyotik direnç oranları)
Objective: Infections caused by resistant gramnegative bacteria to antimicrobials occur at increasing rates. Therefore, routine screening of resistance patterns is crucial for treatment approaches using proper antibiotic...
Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır? (How to control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory?)
Amaç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında invitro amplifikasyon reaksiyonu (IVAR, İn vitro Amplifikasyon Reaksiyonları) ürünleri ile çapraz kontaminasyon, çalışılan testlerde yanlış pozitifliğe neden olabilir. Bu...
Yoğun bakım hastalarında hastane kaynaklı pnömoni olgularının değerlendirilmesi ve sık görülen bakteriyel etkenlerin antimikrobiyallere dirençlerinin araştırılması (Evaluation of nosocomial pneumonia in intensive care unit patients and investigation of antimicrobial resistance of frequently encountered bacterial isolates)
Amaç: Bu çalışmanın amacı; hastanemiz yoğun bakım üniteleri (YBÜ)’nde yatmakta olan hastalardan alınan alt solunum yolu örneklerinden izole edilen hastane kaynaklı pnömoni (HKP) etkenlerinin tür dağılımlarını, direnç pat...
Akut lenfoblastik lösemi tanısıyla tedavi edilen hastada gelişen kateter ilişkili Ochrobactrum antropi bakteriyemisi (Catheter related Ochrobacturm antropi bacteraemia developed in patient with acute lymphoblastic leukemia who is taking chemotherapy)
ÖZET Sunulan olgu, pre-B hücreli ALL (akut lenfoblastik lösemi) tanısıyla kemoterapi alan dört yaşındaki kız çocukta gelişen kateter ilişkili Ochrobactrum antropi (O. antropi) bakteriyemisidir. Hastaya kemoterapi öncesi...
Increased mean platelet volume, red blood cell distribution width and platelet / red blood cell distribution width in patients with Hepatitis B (Hepatit B’li hastalarda artmış ortalama trombosit hacmi, eritrosit dağılım genişliği ve trombosit / eritrosit dağılım genişliği oranı)
Objective: Hepatitis B virus is a major cause of morbidity and mortality worldwide. In chronic hepatitis B patients, routine hematological parameters such as Mean Platelet Volume (MPV), Red Cell Distribution Width (RDW)...