Farklı biyolojik organizmalarda proteomik uygulamalar (Proteomic applications of different biological organisms)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 4
Abstract
ÖZET Marc Wilkins tarafından ilk defa 1994 yılında açıklanan proteomiks terimi bir organizma, doku veya hücrede herhangi bir zamanda bulunan proteinlerin tamamının, geniş çaplı protein ayırma ve tanımlama yöntemleri kullanılarak analiz edilmesi esasına dayanmaktadır. Proteom; belli bir zaman ve mekânda bir organizmanın sahip olduğu ve ifade ettiği bütün farklı proteinlerin tamamıdır. Proteomik; belli bir zamanda belli bir yerde bulunan tüm proteinlerin yapılarını, yerleşimlerini, miktarlarını, translasyon sonrası modifikasyonlarını, doku ve hücrelerdeki işlevlerini, diğer proteinlerle ve makro moleküllerle olan etkileşimlerini ifade eder. Farklı doku ve organların hücrelerinde bulunan DNA’lar birbirine benzese de proteinler birbirine benzememektedir. Bu nedenle özellikle çeşitli hastalıkların tanısında sadece genetik bilimi yeterli olmamakta, aynı zamanda proteomiks bilimine ihtiyaç da gün geçtikçe artmaktadır. Bu derleme kapsamında öncelikle farklı protein ekstraksiyon yöntemleri, iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) ve kütle spektrometresi teknolojilerini içeren proteomik uygulamalar ele alındı. Daha sonra; farklı organizma veya doku kullanımı ile tıbbın farklı alanlarında proteomik yöntemler uygulanarak gerçekleştirilen çalışmalardan bahsedildi. Ayrıca, son yıllarda proteom analizi ile farklı biyolojik organizmaların biyotik veya abiyotik strese maruz kalınca verdiği yanıtın ve savunma mekanizmalarında kullanılan proteinlerin belirlenmesine yönelik çalışmalar üzerine değerlendirmeler yapıldı. ABSTRACT Proteomics described in 1994 for the first time by Marc Wilkins is based on the analysis all proteins present at any time in an organism, tissue or cell by using a largescale protein separation and identification methods. The proteome is all the different proteins that an organism possesses and expresses at a certain time and place. Proteomic expresses the structures of all proteins at a certain time and place, placements, quantities, the post-translational modifications, functions in tissues and cells, and the interactions of other proteins and macro molecules. DNAs in cells of different tissues and organs are similar, but proteins are dissimilar. Therefore, science of genetics is not sufficient for the diagnosis of various diseases. For this reason, there is increasing interest in the science of proteomics day by day. In this review, firstly, we evaluated different protein extraction methods, two-dimensional gel electrophoresis (2- DE), and proteomic applications which include mass spectrometry (MS) techniques. Secondly, it is mentioned that the studies carried out by proteomics in different field of medicine through using of different organism or tissue. In addition, in recent years, the studies have been evaluated to determine the response of different biological organisms and protein used in defense mechanisms when expose to biotic or abiotic stresses by proteome analyses.
Authors and Affiliations
Sinem ÖZENOĞLU, Hatice YILDIZHAN, Duygu ÖZEL-DEMİRALP, Demet CANSARAN-DUMAN
Keywords
Related Articles
- EP ID EP490848
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.35761
- Views 140
- Downloads 0
On haftalık gebede Staphylococcus aureus’un etken olduğu koryoamniyonit (Chorioamnionitis caused by Staphylococcus aureus in a ten weeks pregnant patient)
Koryoamniyonite yol açan en önemli neden enfeksiyondur. Etken bakteriler genellikle genital mikoplazmalar, anaeroblar, enterik gram-negatif basiller ve grup B streptokoklardır. Nadiren Staphylococcus aureus’da etken olab...
Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen candida suşlarının dağılımı (2010-2015) (Distribution of candida species isolated from nosocomial infections of Ankara Numune Training and Research Hospital (2010-2015))
Amaç: Son yıllarda nozokomiyal Candida enfeksiyonlarının epidemiyolojisinde ve tedavisinde kullanılan antifungallerle ilgili önemli değişiklikler ortaya çıkmıştır. Nozokomiyal Candida enfeksiyonlarının en sık etkeni Cand...
Polikistik over sendromu ve moleküler yaklaşımlar (Polycystic ovary syndrome and molecular approaches)
ÖZET Polikistik over sendromu (PKOS), üreme çağındaki kadınları etkileyen bir endokrin hastalığıdır. Sendrom polikistik over morfolojisi, kronik yumurtlama bozukluğu ve androjen hormonların artışıyla karakterizedir ve ba...
Determination of usage frequency of household type water purifiers and effects on drinking water quality in Meram Meram ilçesinde ev tipi su arıtma cihazlarının kullanım sıklığının belirlenmesi ve içme suyu kalitesine etkisi
Objective: In this study, it is aimed to determine usage frequency of household type water purifiers in Meram and their effects on microbiological and chemical quality of water. Methods: This cross-sectional study was co...
Clinical characteristics and incidence of bacterial and viral pathogens in patients hospitalized with community acquired pneumonia in childhood in Konya between October 2008 and February 2010 (Konya’da Ekim 2008 - Şubat 2010 tarihleri arasındaki çocukluk çağında toplum kökenli pnömoni tanısı ile hastaneye yatırılan hastalarda bakteriyel ve viral etkenlerin insidansı ve klinik özellikleri)
Objective: It was aimed to investigate clinical characteristics and incidence of bacterial and viral pathogens in patients who were hospitalized with the clinical diagnosis of community acquired pneumonia (CAP). Method:...