Farklı biyolojik organizmalarda proteomik uygulamalar (Proteomic applications of different biological organisms)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 4
Abstract
ÖZET Marc Wilkins tarafından ilk defa 1994 yılında açıklanan proteomiks terimi bir organizma, doku veya hücrede herhangi bir zamanda bulunan proteinlerin tamamının, geniş çaplı protein ayırma ve tanımlama yöntemleri kullanılarak analiz edilmesi esasına dayanmaktadır. Proteom; belli bir zaman ve mekânda bir organizmanın sahip olduğu ve ifade ettiği bütün farklı proteinlerin tamamıdır. Proteomik; belli bir zamanda belli bir yerde bulunan tüm proteinlerin yapılarını, yerleşimlerini, miktarlarını, translasyon sonrası modifikasyonlarını, doku ve hücrelerdeki işlevlerini, diğer proteinlerle ve makro moleküllerle olan etkileşimlerini ifade eder. Farklı doku ve organların hücrelerinde bulunan DNA’lar birbirine benzese de proteinler birbirine benzememektedir. Bu nedenle özellikle çeşitli hastalıkların tanısında sadece genetik bilimi yeterli olmamakta, aynı zamanda proteomiks bilimine ihtiyaç da gün geçtikçe artmaktadır. Bu derleme kapsamında öncelikle farklı protein ekstraksiyon yöntemleri, iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) ve kütle spektrometresi teknolojilerini içeren proteomik uygulamalar ele alındı. Daha sonra; farklı organizma veya doku kullanımı ile tıbbın farklı alanlarında proteomik yöntemler uygulanarak gerçekleştirilen çalışmalardan bahsedildi. Ayrıca, son yıllarda proteom analizi ile farklı biyolojik organizmaların biyotik veya abiyotik strese maruz kalınca verdiği yanıtın ve savunma mekanizmalarında kullanılan proteinlerin belirlenmesine yönelik çalışmalar üzerine değerlendirmeler yapıldı. ABSTRACT Proteomics described in 1994 for the first time by Marc Wilkins is based on the analysis all proteins present at any time in an organism, tissue or cell by using a largescale protein separation and identification methods. The proteome is all the different proteins that an organism possesses and expresses at a certain time and place. Proteomic expresses the structures of all proteins at a certain time and place, placements, quantities, the post-translational modifications, functions in tissues and cells, and the interactions of other proteins and macro molecules. DNAs in cells of different tissues and organs are similar, but proteins are dissimilar. Therefore, science of genetics is not sufficient for the diagnosis of various diseases. For this reason, there is increasing interest in the science of proteomics day by day. In this review, firstly, we evaluated different protein extraction methods, two-dimensional gel electrophoresis (2- DE), and proteomic applications which include mass spectrometry (MS) techniques. Secondly, it is mentioned that the studies carried out by proteomics in different field of medicine through using of different organism or tissue. In addition, in recent years, the studies have been evaluated to determine the response of different biological organisms and protein used in defense mechanisms when expose to biotic or abiotic stresses by proteome analyses.
Authors and Affiliations
Sinem ÖZENOĞLU, Hatice YILDIZHAN, Duygu ÖZEL-DEMİRALP, Demet CANSARAN-DUMAN
Keywords
Related Articles
- EP ID EP490848
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.35761
- Views 153
- Downloads 0
Pantoea agglomerans’ın neden olduğu kateter ilişkili bir sepsis olgusu (A catheter related sepsis case caused by Pantoea agglomerans)
ÖZET Pantoea türleri, bitkilerde ve toprakta bulunan, Enterobacteriaceae ailesinden, fakültatif aerob Gramnegatif çomaklardır. Pantoea agglomerans immün sistemi normal olan kişilerde lokalize, immünsuprese hastalarda ve...
Farklı yönleriyle NETosis (Different aspects of NETosis)
ÖZET Gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde otoimmün ve otoinflamatuar hastalıkların görülme sıklığında ciddi bir artış vardır. Bu hastalıkların etiyolojisi karmaşık ve multifaktöriyel nedenlere bağlı gelişmektedir. Siste...
Laboratory evaluation of susceptibility tests for National Antimicrobial Resistance Surveillance System (NAMRSS) in Turkey (Türkiye’de Ulusal Antimikrobiyal Direnç Sürveyans Sistemi (UAMDSS) için duyarlılık testlerinin laboratuvar değerlendirmesi)
Objective: Antimicrobial resistance is a growing problem worldwide, and to combat with this problem some measures should be taken. One of them is analysis of current situation and National Antimicrobial Resistance Survei...
Gıda savunmasında yeni yaklaşımlar: risk yönetim metodolojileri (New approaches to food defense: risk management methodologies)
Biyoterörizm, patojen maddelerin politik, sosyal ve/veya ekonomik amaçlarla kanuna aykırı şekilde kullanımı şeklinde tanımlanmaktadır. Biyoterörizm faaliyetlerine tarihten pek çok örnek verilebilir. Biyoterörizm ajanları...
Adana ilindeki bazı çiftçilerin genetiği değiştirilmiş tohumlar hakkındaki bilgi düzeyleri ve tutumları (Knowledge and attitudes of some farmers about genetically modified seeds in Adana province)
Amaç: Genetiği Değiştirilmiş (GD) ürünler son yıllarda hem dünyada, hem de Türkiye’de çeşitli tartışmaları ve uyuşmazlıkları içinde barındıran bir konudur. Günümüzde GD ürünlerin üretimi ve kullanımı yıldan yıla artış gö...