İdrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile direkt bakteri tanımlanması (Definition of direct bacteria by MALDI-TOF MS system from urinary examples)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2018, Vol 75, Issue 2
Abstract
Amaç: Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE)’de etken bakterinin erken saptanması; uygun antibiyotik tedavisine kısa sürede başlanması ve maliyet açısından oldukça önemlidir. ÜSE’nin tanısında idrar kültürü altın standarttır. Kültür ve antibiyotik duyarlılık testi 48-72 saat sürmektedir. Matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile kültürde üretilen bakteriler birkaç dakika içinde tanımlanırken, direkt klinik örnekten tanımlama genellikle iki saat gibi kısa bir zaman içinde yapılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, idrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile bakterinin direkt olarak tanımlanması ve tedaviye olabildiğince erken başlanmasına katkı sağlamasıdır. Yöntem: Hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarına 01 Temmuz - 30 Kasım 2015 tarihleri arasında ÜSE şikayetiyle gönderilen 152 idrar örneği çalışmaya alınmıştır. Rastgele seçilen örneklerin bir kısmına deneysel olarak Gram boyama yapılırken bir kısmına yapılmamıştır. Direkt idrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile bakteri tanımlanması için örneklere formik asit ekstraksiyon metodu uygulanmıştır. Bu örneklere eş zamanlı olarak idrar kültürü de yapılmıştır. 37 °C’de aerobik ve %5 CO2’li ortamda 18-24 saatlik inkübasyondan sonra anlamlı üreme saptanan plaklardaki kolonilerin tanımlanması MALDI-TOF MS sistemi ile yapılmıştır. Bulgular: İdrar örneklerinden direkt bakteri tanımlanmasında, MALDI-TOF MS sisteminin duyarlılığı %76 olarak bulunmuştur. MALDI-TOF MS sistemi ile ekstraksiyon öncesinde bakteriyel yükü belirlemede, Gram boyama yapılmasının test sonuçlarına etkisinin belirlenmesi amacıyla istatistiksel analiz yapılmıştır. Buna göre Gram boyama uygulamasının MALDI-TOF MS sisteminin tanı performansı üzerine etkisi istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,001). Kültürde 105 tek çeşit bakteri üremesi olan örneklerde, direkt örnekten MALDI-TOF MS ile ve idrar kültüründen MALDI-TOF MS ile tanımlanan bakterilere bakıldığında; Enterobactericeae, Enterocuccus faecalis, Staphylococcus aureus ve Clostridium striatum’da tanımlama oranı yüksek bulunurken, streptokoklar ve nonfermenter Gram negatif bakterilerde tanımlama yapılamamıştır. Deneysel olarak MALDI-TOF MS’in düşük bakteriyel konsantrasyonlardaki güvenli tanımlama düzeyini belirlemek amacıyla; E. coli ve E. faecalis suşlarının 1x106, 5x105, 2x105, 1,2x105, 6x104 ve 3x104 kob/mL dilüsyonları yapılarak MALDITOF MS ile tanımlanmıştır. E. coli suşu, 1x106, 5x105 ve 2,5x105 kob/mL dilüsyonlarında, E. faecalis ise sadece 1x106 kob/mL dilüsyonda yüksek düzey güven aralığında bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada, MALDI-TOF MS yönteminin duyarlılığı 105 ve/veya 106 kob/mL tek çeşit Gram negatif bakteriüri olan örneklerde yüksek (%76) bulunurken, karışık veya 103 kob/mL ve altında bakteriüri veya candidüri olan örneklerde tanımlama yapılamamıştır. Ek olarak MALDI-TOF MS yöntemiyle idrar örneğinden direkt bakteri tanımlanması öncesinde Gram boyama uygulamasının etkinliği araştırılmış ve Gram boyamanın MALDI-TOF MS sisteminin tanı performansına katkı sağladığı ve bu nedenle çalışmaya alınan örneklere Gram boyama yapılması gerektiği düşünülmüştür. Bu yöntem, idrar kültüründe 105 kob/mL tek bakteri üremesi olan hastalarda, klasik kültür yöntemine göre daha hızlı sonuç verebilmektedir.
Authors and Affiliations
Ayşe Nuriye VARIŞLI, Gülşen ÇETIN-HAZIROLAN, Altan AKSOY, Neriman AKSU-KOCA
Keywords
Related Articles
- EP ID EP484655
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2018.87598
- Views 276
- Downloads 0
Asymptomatic bacteriuria, urinary tract infection and risk factors in women with type 2 diabetes mellitus and impaired glucose tolerance (Tip 2 Diyabet hastalığı ve bozulmuş glikoz toleransı olan kadınlarda asemptomatik bakteriüri ve üriner sistem enfeksiyonları)
Objective: We aimed to compare a type 2 diabetic women groups with a women group with impaired glucose tolerance (IGT) for the presence of urinary tract infection (UTI) and/or asymptomatic bacteriuria (ASB) and related r...
On haftalık gebede Staphylococcus aureus’un etken olduğu koryoamniyonit (Chorioamnionitis caused by Staphylococcus aureus in a ten weeks pregnant patient)
Koryoamniyonite yol açan en önemli neden enfeksiyondur. Etken bakteriler genellikle genital mikoplazmalar, anaeroblar, enterik gram-negatif basiller ve grup B streptokoklardır. Nadiren Staphylococcus aureus’da etken olab...
Vajinit ön tanılı kadınlarda Trichomonas vaginalis sıklığının araştırılması ve tanısında üç farklı kültür yönteminin karşılaştırılması (Comparison of three different culture methods in the diagnosis and investigation of frequency of Trichomonas vaginalis in women with the pre-diagnosis of vaginitis)
Amaç: Bu çalışmada değişik kültür yöntemleri kullanılarak vaginit ön tanılı hastalardan alınan örneklerde Trichomonas vaginalis görülme sıklığı araştırılmış ve klinik materyalden yola çıkılarak parazitin izolasyonunda ha...
Nanoteknolojik dezenfektanların heterotrofik biyofilmler üzerine etkisi (The efficacy of nanotechnological disinfectants on heterotrophic biofilms)
Amaç: Gümüş sülfadiazin ve benzalkonyum klorür mikroorganizmalara karşı etkin olduğu bilinen biyosidal ajanlardır. Planktonik hücreler bu ajanlardan kolay etkilenmelerine rağmen biyofilm içindeki bakteriler aynı kimyasal...
Alignment of new bathing water EU directive and its applications to protect public health (Halk sağlığının korunması için yeni yüzme suyu AB direktifinin uyumlaştırılması ve uygulamaları)
Introduction: The twinning project entitled “Alignment in Bathing Water Monitoring” was implemented within the framework of EU Pre-Accession Financial Assistance IPA I-2010 Programming by the Ministry of Health, Public H...