İdrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile direkt bakteri tanımlanması (Definition of direct bacteria by MALDI-TOF MS system from urinary examples)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2018, Vol 75, Issue 2
Abstract
Amaç: Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE)’de etken bakterinin erken saptanması; uygun antibiyotik tedavisine kısa sürede başlanması ve maliyet açısından oldukça önemlidir. ÜSE’nin tanısında idrar kültürü altın standarttır. Kültür ve antibiyotik duyarlılık testi 48-72 saat sürmektedir. Matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile kültürde üretilen bakteriler birkaç dakika içinde tanımlanırken, direkt klinik örnekten tanımlama genellikle iki saat gibi kısa bir zaman içinde yapılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, idrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile bakterinin direkt olarak tanımlanması ve tedaviye olabildiğince erken başlanmasına katkı sağlamasıdır. Yöntem: Hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarına 01 Temmuz - 30 Kasım 2015 tarihleri arasında ÜSE şikayetiyle gönderilen 152 idrar örneği çalışmaya alınmıştır. Rastgele seçilen örneklerin bir kısmına deneysel olarak Gram boyama yapılırken bir kısmına yapılmamıştır. Direkt idrar örneklerinden MALDI-TOF MS sistemi ile bakteri tanımlanması için örneklere formik asit ekstraksiyon metodu uygulanmıştır. Bu örneklere eş zamanlı olarak idrar kültürü de yapılmıştır. 37 °C’de aerobik ve %5 CO2’li ortamda 18-24 saatlik inkübasyondan sonra anlamlı üreme saptanan plaklardaki kolonilerin tanımlanması MALDI-TOF MS sistemi ile yapılmıştır. Bulgular: İdrar örneklerinden direkt bakteri tanımlanmasında, MALDI-TOF MS sisteminin duyarlılığı %76 olarak bulunmuştur. MALDI-TOF MS sistemi ile ekstraksiyon öncesinde bakteriyel yükü belirlemede, Gram boyama yapılmasının test sonuçlarına etkisinin belirlenmesi amacıyla istatistiksel analiz yapılmıştır. Buna göre Gram boyama uygulamasının MALDI-TOF MS sisteminin tanı performansı üzerine etkisi istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,001). Kültürde 105 tek çeşit bakteri üremesi olan örneklerde, direkt örnekten MALDI-TOF MS ile ve idrar kültüründen MALDI-TOF MS ile tanımlanan bakterilere bakıldığında; Enterobactericeae, Enterocuccus faecalis, Staphylococcus aureus ve Clostridium striatum’da tanımlama oranı yüksek bulunurken, streptokoklar ve nonfermenter Gram negatif bakterilerde tanımlama yapılamamıştır. Deneysel olarak MALDI-TOF MS’in düşük bakteriyel konsantrasyonlardaki güvenli tanımlama düzeyini belirlemek amacıyla; E. coli ve E. faecalis suşlarının 1x106, 5x105, 2x105, 1,2x105, 6x104 ve 3x104 kob/mL dilüsyonları yapılarak MALDITOF MS ile tanımlanmıştır. E. coli suşu, 1x106, 5x105 ve 2,5x105 kob/mL dilüsyonlarında, E. faecalis ise sadece 1x106 kob/mL dilüsyonda yüksek düzey güven aralığında bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada, MALDI-TOF MS yönteminin duyarlılığı 105 ve/veya 106 kob/mL tek çeşit Gram negatif bakteriüri olan örneklerde yüksek (%76) bulunurken, karışık veya 103 kob/mL ve altında bakteriüri veya candidüri olan örneklerde tanımlama yapılamamıştır. Ek olarak MALDI-TOF MS yöntemiyle idrar örneğinden direkt bakteri tanımlanması öncesinde Gram boyama uygulamasının etkinliği araştırılmış ve Gram boyamanın MALDI-TOF MS sisteminin tanı performansına katkı sağladığı ve bu nedenle çalışmaya alınan örneklere Gram boyama yapılması gerektiği düşünülmüştür. Bu yöntem, idrar kültüründe 105 kob/mL tek bakteri üremesi olan hastalarda, klasik kültür yöntemine göre daha hızlı sonuç verebilmektedir.
Authors and Affiliations
Ayşe Nuriye VARIŞLI, Gülşen ÇETIN-HAZIROLAN, Altan AKSOY, Neriman AKSU-KOCA
Keywords
Related Articles
- EP ID EP484655
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2018.87598
- Views 250
- Downloads 0
Farklı yönleriyle NETosis (Different aspects of NETosis)
ÖZET Gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde otoimmün ve otoinflamatuar hastalıkların görülme sıklığında ciddi bir artış vardır. Bu hastalıkların etiyolojisi karmaşık ve multifaktöriyel nedenlere bağlı gelişmektedir. Siste...
On haftalık gebede Staphylococcus aureus’un etken olduğu koryoamniyonit (Chorioamnionitis caused by Staphylococcus aureus in a ten weeks pregnant patient)
Koryoamniyonite yol açan en önemli neden enfeksiyondur. Etken bakteriler genellikle genital mikoplazmalar, anaeroblar, enterik gram-negatif basiller ve grup B streptokoklardır. Nadiren Staphylococcus aureus’da etken olab...
Türkiye’de içme suyu hizmetlerinin yerelde merkezileşmesinin içme suyu denetiminde mikrobiyolojik kirliliğe ve akut gastroenterit enfeksiyonu olgu hızlarına etkisi: Tekirdağ örneği (Influence of localizing drinking water services in Turkey on microbiological pollution in control of drinking water and case rates of acute gastroenteritis infection: Tekirdağ case)
Amaç: Suyla bulaşan hastalıklarda, hastalık etkenlerinin, su kaynağında bulunabilecekleri gibi temiz suyun taşındığı yerde de suya bulaşmaları mümkündür. Bu nedenle, suyun dezenfeksiyonunda kullanılan dezenfektan etkisin...
Olgu sunumu; Yanıkta izole edilen Bacillus licheniformis (Case report: The burn isolated Bacillus licheniformis)
ÖZET Bacillus licheniformis doğada yaygın olarak bulunabilen, saprofitik bir bakteri olup insanlarda bakteriyemi, peritonit, gıda zehirlenmeleri gibi hastalıklara neden olabilmektedir. Medikal olarak kullanılan basitrasi...
Probiyotiklerin tümör baskılayıcı etkileri (Tumor suppressor effects of probiotics)
Hipokrat’ın “Tüm hastalıklar bağırsakta başlar.” yaklaşımından sonra günümüzde de bağırsaklar “ikinci beyin” olarak adlandırılmakta ve bağırsaktaki mikrobiyal denge-sağlık ilişkisi yoğun araştırmaların konusu olmaktadır....