Розподіл петельних доменів хроматину за розміром і функціональним станом та його реорганізація при активації клітин: аналіз даних Ні-С
Journal Title: ScienceRise: Biological Science - Year 2018, Vol 0, Issue 5
Abstract
<p>Структура хроматину на найвищих рівнях його організації, залишаючись не до кінця зрозумілою, привертає велику увагу, оскільки лежить в основі регуляції функціональних процесів в ядрах еукаріотичних клітин. Важливим аспектом цієї організації є наявність відносно автономних структурних елементів – петельних доменів хроматину. Одним з найефективніших методів дослідження просторової структури хроматину є метод Ні-С. Біоінформатичні бази даних містять великі масиви даних Ні-С, які не були детально проаналізовані. Зокрема, не було проведено детальний аналіз розмірів петель та закономірностей їх розташування у певних хроматинових зонах ядра (транскрипційно активних чи неактивних ділянках), залишається невідомим, як змінюється і чи змінюється взагалі щільність та розміри петель в залежності від функціональної активності хроматинових ділянок.</p><p><strong>Мета дослідження</strong> полягала у з'ясуванні особливостей розподілу петельних доменів хроматину за розміром та функціональним станом у клітинах з різною функціональною активністю.</p><p><strong>Матеріали та методи:</strong> біоінформатичний аналіз даних, отриманих методом Ні-С, депонованих у загальнодоступних базах даних.</p><p><strong>Результати:</strong> отримано розподіли петельних доменів хроматину за довжиною у клітинах різних типів, розподіл петельних доменів по різних компартментах хроматину в лімфобластоїдних клітинах GM12878 та розподіли за довжиною у межах цих компартментів, а також проаналізовано зміни у розподілі петель за довжиною при активації лімфоцитів миші.</p><p><strong>Висновки:</strong> розподіл петельних доменів хроматину за розміром має експоненційний характер, параметри розподілу є клітино-специфічними, більша частина петель розташована в межах еухроматинових зон, а підвищення транскрипційної активності клітини супроводжується зростанням кількості петель при одночасному підвищенні їхньої середньої контурної довжини</p>
Authors and Affiliations
Katerina Afanasieva, Andrei Sivolob
Keywords
Related Articles
- EP ID EP526780
- DOI 10.15587/2519-8025.2018.143734
- Views 127
- Downloads 0
Активація кори головного мозку при виконанні рухового завдання у осіб з гострим порушенням мозкового кровообігу
<p>Запропоновано аналіз особливостей гемодинамічної фМРТ відповіді при виконанні руху здоровими волонтерами і пацієнтами із гострим порушенням мозкового кровообігу (ГПМК) для оцінки можливості фМРТ картування кори головн...
Оценка изменений кишечного микробиома при позднем дебюте неспецифического язвенного колита
<p>В статье рассмотрены вопросы особенностей протекания, причин возникновения воспалительных заболеваний кишечника на примере пациентов с диагнозом неспецифический язвенный колит.</p><p><strong>Цель исследования – </stro...
Кількісний та якісний склад молекул середньої маси в плазмі крові та гомогенатах пухлин в хворих на рак сечового міхура
<p><strong>Мета:</strong> дослідити та охарактеризувати присутність молекул середньої маси в плазмі крові та гомогенатах пухлин у хворих на рак сечового міхура при різних стадіях захворювання.</p><p><strong>Матеріали та...
Вплив низькоінтенсивного лазерного випромінювання на антибіотикочутливість Pseudomonas aeruginosa
<p>Досліджено безпосередній вплив лазерного випромінювання низької інтенсивності з довжинами хвиль 635 та 870 нм на антибіотикочутливість клінічних ізолятів Pseudomonas aeruginosa та колекційного тест-штаму Pseudomonas a...
Особливості гормональних та метаболічних змін у нащадків першого покоління щурів, які зазнали дії інкорпорованого 131I
<p>В експерименті досліджено віддалені біологічні ефекти у нащадків першого покоління білих лабораторних щурів, які зазнали впливу інкорпорованого <sup>131</sup>І. Визначено дискоординацію у функціонуванні гіпофіз-тиреої...