Wykorzystanie nowoczesnych technologii sekwencjonowania DNA (NGS) w bankach genów i hodowli roślin. Praca przeglądowa
Journal Title: Agronomy Science - Year 2018, Vol 73, Issue 1
Abstract
Technologia sekwencjonowania nowej generacji (NGS – ang. next generation sequencing) jest uniwersalnym narzędziem biologii molekularnej. Jest wykorzystywana do sekwencjonowania genomów i transkryptomów, badania interakcji białko–DNA/RNA, sprawdzania stopnia metylacji oraz do badań metagenomowych. Umożliwia analizę różnych fragmentów DNA reprezentowanych przez wiele kopii w trakcie trwania jednej reakcji, przygotowania biblioteki, a następnie uzyskania gigabaz genomowych z jednego sekwencjonowania. Dzięki temu zwiększona zostaje nie tylko liczba badanych prób, ale także wiarygodność otrzymanych wyników sekwencjonowania. Jest to szczególnie cenne, jeżeli zróżnicowanie między określonymi genotypami jest niewielkie. Koszty oraz czas przeprowadzania reakcji sekwencjonowania w przeliczeniu na jednostkę uzyskanej informacji są wielokrotnie niższe w porównaniu z kosztami analiz prowadzonych z wykorzystywanym dotychczas sekwenatorem kapilarnym. Zastosowanie technologii NGS jest szczególnie przydatne w poznaniu nowych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) oraz innych wariantów zmienności, np. indeli. Szczegółowa analiza bioinformatyczna wyników umożliwi poznanie zróżnicowania genetycznego roślin w obrębie jednego gatunku, dokładniejsze mapowanie cech ilościowych oraz właściwą identyfikację taksonomiczną obiektów i przypisanie ich do określonego rodzaju, co jest bardzo istotne w kolekcjach banków genów.
Authors and Affiliations
JOANNA NOCEŃ
Keywords
Related Articles
- EP ID EP450868
- DOI 10.24326/asx.2018.1.1
- Views 43
- Downloads 0
The quality and health of soil in terms of sustainable land use
Soil quality represents the ability of the soil to secure environmental functions in a particular way of using it. Health of soil expresses protection and increasing biological productivity, environmental quality and hea...
Identyfikacja genów odporności na rdzę brunatną w wybranych europejskich odmianach pszenicy zwyczajnej oraz opracowanie warunków Multiplex PCR
Rdza brunatna powodowana przez grzyb Puccinia triticina jest jedną z najpoważniejszych chorób pszenicy zwyczajnej. Najskuteczniejszym sposobem ograniczania występowania tego patogenu jest wprowadzanie do uprawy odmian z...
Wpływ nawożenia azotem i gęstości siewu na plon i wartość wypiekową pszenicy orkisz (Triticum aestivum. ssp. spelta) odmiany Rokosz
Celem pracy było określenie poziomu plonowania i wartości technologicznej nowej polskiej odmiany pszenicy Triticum aestivum ssp. spelta L. o nazwie Rokosz w zależności od nawożenia azotem i gęstości siewu. Cel badawczy r...
Wpływ wybranych czynników na zmiany w rolnictwie w Polsce środkowo-wschodniej
W pracy omówiono strukturę obszarową gospodarstw w makroregionie środkowo-wschodnim oraz ich strukturę użytkowania gruntów i strukturę zasiewów. Badaniami ankietowymi objęto rolników posiadających rodzinne gospodarstwa r...
Charakterystyka pomologiczna niemieckich odmian czereśni w kolekcji Instytutu Ogrodnictwa w Skierniewicach
W latach 2015–2017 prowadzono obserwacje pomologiczne na 21 odmianach czereśni hodowli niemieckiej zgromadzonych w kolekcji ex situ Instytutu Ogrodnictwa w Skierniewicach. Odmiany oceniano za pomocą deskryptora ‘Sweet ch...