Wykorzystanie nowoczesnych technologii sekwencjonowania DNA (NGS) w bankach genów i hodowli roślin. Praca przeglądowa
Journal Title: Agronomy Science - Year 2018, Vol 73, Issue 1
Abstract
Technologia sekwencjonowania nowej generacji (NGS – ang. next generation sequencing) jest uniwersalnym narzędziem biologii molekularnej. Jest wykorzystywana do sekwencjonowania genomów i transkryptomów, badania interakcji białko–DNA/RNA, sprawdzania stopnia metylacji oraz do badań metagenomowych. Umożliwia analizę różnych fragmentów DNA reprezentowanych przez wiele kopii w trakcie trwania jednej reakcji, przygotowania biblioteki, a następnie uzyskania gigabaz genomowych z jednego sekwencjonowania. Dzięki temu zwiększona zostaje nie tylko liczba badanych prób, ale także wiarygodność otrzymanych wyników sekwencjonowania. Jest to szczególnie cenne, jeżeli zróżnicowanie między określonymi genotypami jest niewielkie. Koszty oraz czas przeprowadzania reakcji sekwencjonowania w przeliczeniu na jednostkę uzyskanej informacji są wielokrotnie niższe w porównaniu z kosztami analiz prowadzonych z wykorzystywanym dotychczas sekwenatorem kapilarnym. Zastosowanie technologii NGS jest szczególnie przydatne w poznaniu nowych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) oraz innych wariantów zmienności, np. indeli. Szczegółowa analiza bioinformatyczna wyników umożliwi poznanie zróżnicowania genetycznego roślin w obrębie jednego gatunku, dokładniejsze mapowanie cech ilościowych oraz właściwą identyfikację taksonomiczną obiektów i przypisanie ich do określonego rodzaju, co jest bardzo istotne w kolekcjach banków genów.
Authors and Affiliations
JOANNA NOCEŃ
Keywords
Related Articles
- EP ID EP450868
- DOI 10.24326/asx.2018.1.1
- Views 41
- Downloads 0
Gromadzenie i zachowanie zasobów genowych roślin użytkowych w Polsce – artykuł przeglądowy. Część 1. Gromadzenie zasobów genowych roślin użytkowych w trakcie ekspedycji krajowych i zagranicznych
Ochrona zasobów genowych w sposób ścisły wiąże się z realizacją postanowień międzynarodowych aktów prawnych, których podstawą jest Konwencja o różnorodności biologicznej. Nowe obiekty są pozyskiwane zarówno w trakcie eks...
Fitocenozy łąk użytkowanych ekstensywnie w dolinie rzeki Por
Fitocenozy łąkowe są jednym z cenniejszych składników przyrodniczych, tworzących środowisko życia w krajobrazie rolniczym. Badania fitosocjologiczne nad zbiorowiskami wykształconymi na półnaturalnych łąkach w dolinie rze...
Produkcyjność pszenicy ozimej odmiany Turnia i Rysa wysiewanej w siewie czystym i mieszanym w zależności od systemu uprawy roli
Badania prowadzono w ścisłym doświadczeniu płodozmianowym założonym w Stacji Doświadczalnej Katedry Agrotechniki i Ekologii Rolniczej Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie-Mydlnikach (50°08' N, 19°85' E). Doświadczenie polo...
Fitocenozy wykształcające się w uprawach rolniczych na terenie Doliny Środkowej Wisły. Cz. III. Zbiorowiska chwastów upraw okopowych
Praca jest kolejną częścią opracowania nt. fitocenoz wykształcających się w uprawach rolniczych na terenie Doliny Środkowej Wisły i przedstawia klasyfikację fitosocjologiczną i charakterystykę zbiorowisk wykształcających...
Review of genome sampling methods in sequencing libraries preparation protocols
Since the publication of the full sequence of the Arabidopsis thaliana genome in 2000 [AGI Initiative 2000], a period of dynamic genome exploration began. In the last decade, with the revolution in the next generation se...