Wykorzystanie nowoczesnych technologii sekwencjonowania DNA (NGS) w bankach genów i hodowli roślin. Praca przeglądowa
Journal Title: Agronomy Science - Year 2018, Vol 73, Issue 1
Abstract
Technologia sekwencjonowania nowej generacji (NGS – ang. next generation sequencing) jest uniwersalnym narzędziem biologii molekularnej. Jest wykorzystywana do sekwencjonowania genomów i transkryptomów, badania interakcji białko–DNA/RNA, sprawdzania stopnia metylacji oraz do badań metagenomowych. Umożliwia analizę różnych fragmentów DNA reprezentowanych przez wiele kopii w trakcie trwania jednej reakcji, przygotowania biblioteki, a następnie uzyskania gigabaz genomowych z jednego sekwencjonowania. Dzięki temu zwiększona zostaje nie tylko liczba badanych prób, ale także wiarygodność otrzymanych wyników sekwencjonowania. Jest to szczególnie cenne, jeżeli zróżnicowanie między określonymi genotypami jest niewielkie. Koszty oraz czas przeprowadzania reakcji sekwencjonowania w przeliczeniu na jednostkę uzyskanej informacji są wielokrotnie niższe w porównaniu z kosztami analiz prowadzonych z wykorzystywanym dotychczas sekwenatorem kapilarnym. Zastosowanie technologii NGS jest szczególnie przydatne w poznaniu nowych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) oraz innych wariantów zmienności, np. indeli. Szczegółowa analiza bioinformatyczna wyników umożliwi poznanie zróżnicowania genetycznego roślin w obrębie jednego gatunku, dokładniejsze mapowanie cech ilościowych oraz właściwą identyfikację taksonomiczną obiektów i przypisanie ich do określonego rodzaju, co jest bardzo istotne w kolekcjach banków genów.
Authors and Affiliations
JOANNA NOCEŃ
Keywords
Related Articles
- EP ID EP450868
- DOI 10.24326/asx.2018.1.1
- Views 49
- Downloads 0
Poszukiwanie modelu kształcenia dla kierunku studiów gospodarka przestrzenna
Pytanie o model kształcenia na kierunku gospodarka przestrzenna jest pytaniem o rolę absolwentów kierunku w użytkowaniu i kształtowaniu przestrzeni. Rola i zadania absolwentów wynikają z systemu zarządzania przestrzenią,...
Plonowanie pszenicy jarej uprawianej w krótkotrwałej monokulturze w zależności od międzyplonu i sposobu odchwaszczania
W dwuczynnikowym doświadczeniu polowym uwzględniono rodzaje przyorywanych corocznie międzyplonów ścierniskowych (bez międzyplonów − obiekt kontrolny, gorczyca biała, facelia błękitna, mieszanka strączkowych – łubin wąsko...
Oddziaływanie związków fluoru i selenu na wybrane parametry biochemiczne siewek dwóch odmian kukurydzy cukrowej (Zea mays var. saccharata)
Celem badań było określenie wpływu fluoru (F) i selenu (Se) na wybrane parametry biochemiczne siewek dwóch odmian kukurydzy cukrowej: ‘Złota Karłowa’ i ‘Waza’. Doświadczenie wazonowe przeprowadzono w warunkach laboratory...
Oddziaływanie wybranych nawozów dolistnych oraz bioregulatorów wzrostu na plon i jakość ziela majeranku ogrodowego (Origanum majorana L.)
W latach 2013–2014 w miejscowości Trębanów, na glebie ilastej pochodzenia lessowego, przeprowadzono doświadczenie polowe mające na celu określenie wpływu 6 preparatów dolistnych: Plonvit Kali (6 kg∙ha–1), Bormax (2 l∙ha–...
Plonowanie grochu siewnego w zależności od sposobu uprawy roli i poziomu nawożenia mineralnego
W pracy przedstawiono wyniki badań nad wpływem upraszczania uprawy roli na plonowanie zróżnicowanego nawożenia mineralnego. Badania przeprowadzono w latach 1999– –2006 w GD Czesławice na glebie płowej wytworzonej z lessu...