Assessment of structural peculiarities of glaziovianin A interaction with human α-, β and γ-tubulins
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Aim. To determine the features of the ligand-protein interaction of glaziovianin A and human α-, β- and γ-tubulin. Methods. Protein and ligand spatial structure modelling (I-Tasser, Grid), molecular docking (CCDC Gold), molecular dynamics simulation (GROMACS). Results. Using the method of molecular docking in CCDC Gold ligand-protein complexes of glaziovianin A and human α-, β- and γ-tubulin were reconstructed. Studied ligand interactions in GTP/GDP-exchange and colchicine binding sites of different tubulin isotypes. The built ligand-protein complexes were studied using molecular dynamics simulations. Conclusions. Binding of glaziovianin A with human tubulin was confirmed exposing its derivatives as perspective tubulin effectors. The binding energies of ligand-protein interaction confirm higher affinity for β-tubulin molecules, and it was suggested that glazovianin A binding may occur at two alternative sites: GTP/GDP-exchange site and site of colchicine binding. Keywords: tubulin, glaziovianin A, binding, antitumor activity.
Authors and Affiliations
П. А. Карпов, С. І. Співак, О. В. Раєвський, О. Ю. Нипорко, С. П. Ожерєдов, Я. Б. Блюм
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618806
- DOI -
- Views 41
- Downloads 0
The ability of maize Lancaster inbreds to callusogenesis in vitro under varying environmental conditions
Aim. This work is focused on the estimation of the callusogenic potential of 10 maize Lancaster germplasm inbreds in comparison with well-known inbreds-standards with high callusogenic ability A188, Chi31 and PLS61, and...
Застосування високопропускного віртуального скринінгу в Грід для пошуку нових інгібіторів тубуліну фітопатогенних грибів
Мета. Відібрати нові перспективні інгібітори тубуліну фітопатогенних грибів за допомогою високопропускного віртуального скринінгу в Грід. Методи. Моделювання просторової структури цільових білків (I-Tasser, Грід) і ліган...
Генотипування сайту мтДНК представників підродини Cetoniinae
Мета. Опис результатів молекулярно-генетичного дослідження комах-представників підродини Cetoniinae (бронзовки). Методи. Для аналізу використані методи малотравматичного забору матеріалу для виділення ДНК, метод полімера...
Аналіз локусів Glu-1 у зразків малопоширених видів пшениці та їх гібридів
Мета. Визначення алельного складу локусів Glu-1 у зразків малопоширених видів пшениці та їх гібридів із м’якою ярою пшеницею. Методи. ПЛР-аналіз. Результати. У наявних колекційних зразках малопоширених видів пшениці в ос...
Вплив зниженої температури на синтез флавоноїдів у культурах «бородатих» коренів Artemisia vulgaris L. та Artemisia annua L.
Мета. Метою роботи було дослідження короткочасного впливу температурного стресу (+10°С) на ріст, синтез флавоноїдів та антиоксидантну активність у культурах «бородатих» коренів рослин Artemisia vulgaris L. та Artemisia a...