Assessment of structural peculiarities of glaziovianin A interaction with human α-, β and γ-tubulins
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Aim. To determine the features of the ligand-protein interaction of glaziovianin A and human α-, β- and γ-tubulin. Methods. Protein and ligand spatial structure modelling (I-Tasser, Grid), molecular docking (CCDC Gold), molecular dynamics simulation (GROMACS). Results. Using the method of molecular docking in CCDC Gold ligand-protein complexes of glaziovianin A and human α-, β- and γ-tubulin were reconstructed. Studied ligand interactions in GTP/GDP-exchange and colchicine binding sites of different tubulin isotypes. The built ligand-protein complexes were studied using molecular dynamics simulations. Conclusions. Binding of glaziovianin A with human tubulin was confirmed exposing its derivatives as perspective tubulin effectors. The binding energies of ligand-protein interaction confirm higher affinity for β-tubulin molecules, and it was suggested that glazovianin A binding may occur at two alternative sites: GTP/GDP-exchange site and site of colchicine binding. Keywords: tubulin, glaziovianin A, binding, antitumor activity.
Authors and Affiliations
П. А. Карпов, С. І. Співак, О. В. Раєвський, О. Ю. Нипорко, С. П. Ожерєдов, Я. Б. Блюм
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618806
- DOI -
- Views 37
- Downloads 0
Hybride necrosis genes in bread wheat varieties (Triticum aestivum L.) of Ukraine
Hybrid necrosis is the gradual premature death of leaves or plants in certain F1-2hybrids of wheat (Triticum aestivum L.), and it is caused by the interaction of two dominant complementary genes Ne1 and Ne2 located...
Influence of mitochondrial DNA loss on the development of complex structured colonies of SK1 strains of yeast Saccharomyces cerevisiae
Aim. Determine the effect of mitochondrial DNA loss on the formation of complex yeast colonies of Saccharomyces cerevisiae. Methods. Development of giant colonies of the parent strain SK1 (rho+) and the "petit" strain SK...
Формування ефекту свідка в кореневій меристемі проростків при сумісному пророщуванні опроміненого і неопроміненого насіння
Мета. Дослідити можливість індукції ефекту свідка за умови сумісного пророщування опроміненого і неопроміненого насіння у спільному водному середовищі. Методи. Цитогенетичні методи (оцінка рівня мітотичної активності, об...
Cell selection with heavy metal ions for obtaining wheat and maize forms tolerant to osmotic stresses
Aim. The obtaining tolerant to salt and water stresses wheat and maize variants via cell selection with barium and cadmium heavy metal cations were the idea. Barium cations disrupt the cell potassium transport. Cadmium c...
Характеристики Чернігівської популяції за даними прізвищ
Мета. Було проаналізовано популяції Чернігівської області, а також здійснено порівняння їх з уже вивченими, щоб з’ясувати, як змінюється здатність прізвищ диференціювати популяції районного рівня в областях із різною гео...