Chromosomal fragment from Streptomyces globisporus 1912-2 homologous to afsA-gene of S. griseus NBRC 13350
Journal Title: Вісник Українського товариства генетиків і селекціонерів - Year 2015, Vol 13, Issue 1
Abstract
Aim. To identify the chromosomal fragment of S. globisporus 1912-2 homologous to S. griseus NBRC 13350 arpA gene and to assess the similarity of primary structure of the fragment and arpA genes of other microorganisms in silico. Methods. NCBI Web BLAST Service (blastx, discontiguous megablast) was used for in silico analysis of the contigs of S. grlobisporus 1912-2 and Internet databases. Results. The nucleotide sequence of S. globisporus 1912-2 with afsA gene, which coded the enzyme AfsA, was located on Contig 70 (5134 – 6078 bp). It was shown the significant homology (84 %) of primary structure of afsA gene for S. globisporus 1912-2 and S. griseus NBRC 13350. Only seven strains from four genera of streptomycetes showed homology of afsA-gene sequence to S. globisporus 1912-2 higher than 80 % with the degree of identity of 75 %. Conclusions. The afsA gene coding the enzyme (AfsA), which provides the synthesis of A-faktor like substance, is located on the chromosome of S. globisporus 1912-2 (Contig 70, 5134- 6078 bp). The AfsA enzyme of S. globisporus 1912-2 has a structure typical of enzymes of hot dog superfamily with two hot-dog fold domains from AfsA-family.Keywords: Streptomycetes, nucleotide sequence, homology, gene, enzyme.
Authors and Affiliations
L. V. Polishchuk
Keywords
Related Articles
- EP ID EP613847
- DOI -
- Views 88
- Downloads 0
Inheritance of glyphosate and glufosinate resistance in T1-T2 generations of biotechnological canola (Brassica napus L.) plants
Aim. To obtain the biotechnological canola plants using the introduction of epsps and bar genes in the same cassette and investigate both inheritance of target genes and resistance to corresponding herbicides in Т1–Т2 ge...
Determination of the united quality latent index of adaptability (UQLIA) and contribution of some environmental parameters to it for Deschampsia antarctica populations, Galindez island (Maritime Antarctic) season 2017/2018
The purpose of our work has been to determine the indicator of complex adaptability — the United Quality Latent Index of Adaptability (UQLIA) for the experimental populations of Deschampsia antarctica É. Desv. and study...
Viacheslav Sergiyovych Konovalov (21.03.1937-7.11.2016)
Біомін – потенційний матрикс для створення імплантатів кісткової тканини нового покоління
Створення імплантатів нового покоління або комбінованих імплантатів - є надзвичайно перспективним напрямком регенеративної медицини. Такі імплантати є поєднанням досягнень сучасного матеріалознавства та клітинної біологі...
Системне ураження як модель для відпрацювання технологій генної і клітинної терапії
Мета. Ураження за допомогою CCl4 викликає каскад реакцій і станів, характерних для системних порушень, викликаних більшістю зовнішніх техногенних факторів навколишнього середовища. Для подальшого відпрацювання технологій...