CYP4 and CYP6 gene variability in genome of Aphis fabae mordvilkoi Börner & Janisch, 1922
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Aim. To estimate the variability of genes of 4th and 6th families of CYP450, which were extracted from the whole genome data of Aphis fabae mordvilkoi collected from Philadelphus coronaries L. in Belarus. Methods. The whole genome sequencing was carried out in the University of Utah DNA Sequencing and Genomic Core Facilities (USA). CYP4 and CYP6 gene sequences were extracted from the whole genome data by sequential mapping the whole genome reads to CYP4 and CYP6 CDSs of three reference genomes (Acyrthosiphon pisum Harris, 1776, Myzus persicae (Sulžer, 1776) и Diuraphis noxia (MordvilkoexKurdjumov, 1913)). All found uniqueversion of assembling were taken as a single gene. Results. In A. fabae mordvilkoi genome we found out 31 CYP4 genes and 24 from them were copies of CYP4C1s. We also found out 19 CYP6 gene sand 8 from them were identified as CYP6A13s. Variability of nucleotide an damino acid sequences of CYP4 and CYP6 CDSs were high. Conclusions. In A. fabae mordvilkoi genome most CYP4genes were identified as CYP4C1 and most CYP6 genes were CYP6A13s. Other CYP4 and CYP6 were mostly presented as single copies of different genes.Keywords: aphids, cytochrome p450, Aphis fabae, trophic specialization, gene copies.
Authors and Affiliations
Н. В. Воронова, М. М. Воробьева, Ю. В. Бондаренко
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618721
- DOI -
- Views 41
- Downloads 0
Поліморфізм довжин інтронів генів β-тубуліну у білоруських ландрас Linum usitatissimum L.
Мета. Метою роботи була оцінка можливостей використання поліморфізму довжини інтронів β-тубуліну (ТВР, Tubulin Based Polymorphism) для генетичної диференціації стародавніх сортів (ландрас) льону, історично районованих у...
Дослідження поширеності різних форм іхтіозу в Харківській області
Іхтіоз являє собою генетично та клінічно гетерогенну групу порушень процесів зроговіння епідермісу. Його поширеність має географічні відмінності. Мета. Оцінка поширеності іхтіозу у Харківській області. Методи. Збір та ан...
Modeling of Parkinson's disease on D. melanogaster: oxidative stress and the role of isogenization of transgenic lines
Aim. Oxidative stress (OS) is considered one of the main factors that leads to the degeneration of dopamine neurons in Parkinson's disease (PD). The purpose of the work was to test sensitivity to the conditions of the OS...
Analysis of cellular localization of РН domain of Bcr-Abl with USP1 protein and development of software for estimation of their phosphorylation sites
Aim. This work was dedicated to investigation of cellular localization РН domain of Bcr-Abl with USP1 protein and to develop useful tool to aggregate information about protein phosphorylation sites. Methods. Mammalian ce...
Клеточная селекция с ионами тяжелых металлов для отбора форм пшеницы и кукурузы, устойчивых к осмотическим стрессам
Цель. Получение вариантов пшеницы и кукурузы, устойчивых к водному и солевому стрессам, методом клеточной селекции с использованием катионов тяжёлых металлов бария и кадмия. Катион бария нарушает клеточный транспорт ионо...