Genetic polymorphism of the Landrace pig based on microsatellite markers
Journal Title: Науковий вісник Львівського національного університету ветеринарної медицини та біотехнологій імені С.З. Гжицького - Year 2017, Vol 19, Issue 74
Abstract
The aim of this study was to analyze the genetic variability and population structure of the Landrace population by using 12 mi-crosatellite markers. A total of 90 pigs representing one commercial breed (Landrace) were sampled. Twelve microsatellite loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, S0101, SW936 SW911 and S0228) were selected and belong to the list of microsatellite markers recommended by FAO/ISAG. GenAIEx software was used to calculate the allele frequencies, effective number of alleles (Ae), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity, within-population inbreeding estimate (Fis), Shannon’s information index (ISh). Overall allele frequency values ranged from 0.006 to 0.9333 (at allele SW951120). The number of observed alleles (Na) detected ranged from 5 (S0155 and SW911) to 13 (SW72), with an overall mean of 9.00 ± 0.80 and a total of 108 alleles were observed at these loci. However, the effective number of alleles (Ae) ranged from 1.57 (SW951) to 5.49 (SW240) with a mean of 3.29 ± 0.33. Shannon’s information index (ISh) which measures the level of diversity, was sufficiently high – from 0.79 (for SW951) to 2.01 (for SW240) – with a mean of 1.43 ± 0.09. The overall means for observed (Ho) and expected (He) heterozygosities were 0.578 ± 0.009 and 0.662 ± 0.004, respectively, which ranged from 0.307 (SW951) to 0.814 (SW857) and 0.361 (SW951) to 0.818 (SW240), respectively. Of the 12 microsatellites analyzed using Fisher’s exact test, 50% were in Hardy-Weinberg equilibrium, and 6 were out of equilibrium (P < 0.05). Three mutation models namely, infinite allele model (I.A.M.), two phase model (T.P.M.), stepwise mutation model (S.M.M.) were estimated using the BOTTLENECK software. The results are indicated that the Landrace pig population is non-bottlenecked and remained at mutation-drift equilibrium. The study stands first in genetic characterization of the Ukrainian Landrace pig population through microsatellite markers. The various parameters and values used to quantify genetic variability, such as the high mean (and effective) number of alleles and the expected and observed heterozygosities, indicated high genetic variability in the Ukrainian Landrace pigs. The population has not undergone any recent and/or sudden reduction in the effective population size and remained at mutation-drift equilibrium.
Authors and Affiliations
S. I. Lugovoy, S. S. Kramarenko, V. Ya. Lykhach
Keywords
Related Articles
- EP ID EP179356
- DOI 10.15421/nvlvet7414
- Views 90
- Downloads 0
Мікроскопічні зміни в печінці, серці і нирках щурів за алоксанового цукрового діабету
З метою подальшого дослідження впливу лікування на перебіг цукрового діабету, необхідне створення моделі даної патології у дослідних тварин. Важливо прослідкувати відповідність змін у органах за даної патології при кліні...
Вплив пробіотика та фітобіотика на показники Т- і В-клітинного імунітету відлучених поросят за гастроентериту незаразної етіології
У статті представлений аналіз показників Т- і В-клітинного імунітету відлучених поросят за гастроентериту незара-зної етіології та після проведеного лікування з використанням пробіотика ТОЙОЦЕРІН 10⁹ та фітобіотика ЕКСТР...
Проблемні питання адаптації корів голштинської породи в умовах промислової технології виробництва молока
Проведено аналіз довічної продуктивності корів голштинської породи європейської селекції та їх дочок за промислової технології виробництва молока, з’ясовані причини вибракування тварин внаслідок захворювань. Встановлено,...
Diagnosis of persistent BVD in one day old and older than 30 days calves with Rapid Kit Tests
Bovine Viral Diarrhoea (BVD) is an important disease of cattle which causes alimentary, respiratory and reproductive disorders and serious economic losses. Today, eradication of disease is compulsory for the increase of...
Автоматизована система обчислення раціонів годівлі сільськогосподарських тварин
При обчисленні раціонів годівлі сільськогосподарських тварин необхідно використовувати значну кількість довідкового матеріалу. Сюди відноситься інформація про характеристики кормів та норми годівлі тварин. Пропонується з...