Genetic polymorphism of the Landrace pig based on microsatellite markers
Journal Title: Науковий вісник Львівського національного університету ветеринарної медицини та біотехнологій імені С.З. Гжицького - Year 2017, Vol 19, Issue 74
Abstract
The aim of this study was to analyze the genetic variability and population structure of the Landrace population by using 12 mi-crosatellite markers. A total of 90 pigs representing one commercial breed (Landrace) were sampled. Twelve microsatellite loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, S0101, SW936 SW911 and S0228) were selected and belong to the list of microsatellite markers recommended by FAO/ISAG. GenAIEx software was used to calculate the allele frequencies, effective number of alleles (Ae), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity, within-population inbreeding estimate (Fis), Shannon’s information index (ISh). Overall allele frequency values ranged from 0.006 to 0.9333 (at allele SW951120). The number of observed alleles (Na) detected ranged from 5 (S0155 and SW911) to 13 (SW72), with an overall mean of 9.00 ± 0.80 and a total of 108 alleles were observed at these loci. However, the effective number of alleles (Ae) ranged from 1.57 (SW951) to 5.49 (SW240) with a mean of 3.29 ± 0.33. Shannon’s information index (ISh) which measures the level of diversity, was sufficiently high – from 0.79 (for SW951) to 2.01 (for SW240) – with a mean of 1.43 ± 0.09. The overall means for observed (Ho) and expected (He) heterozygosities were 0.578 ± 0.009 and 0.662 ± 0.004, respectively, which ranged from 0.307 (SW951) to 0.814 (SW857) and 0.361 (SW951) to 0.818 (SW240), respectively. Of the 12 microsatellites analyzed using Fisher’s exact test, 50% were in Hardy-Weinberg equilibrium, and 6 were out of equilibrium (P < 0.05). Three mutation models namely, infinite allele model (I.A.M.), two phase model (T.P.M.), stepwise mutation model (S.M.M.) were estimated using the BOTTLENECK software. The results are indicated that the Landrace pig population is non-bottlenecked and remained at mutation-drift equilibrium. The study stands first in genetic characterization of the Ukrainian Landrace pig population through microsatellite markers. The various parameters and values used to quantify genetic variability, such as the high mean (and effective) number of alleles and the expected and observed heterozygosities, indicated high genetic variability in the Ukrainian Landrace pigs. The population has not undergone any recent and/or sudden reduction in the effective population size and remained at mutation-drift equilibrium.
Authors and Affiliations
S. I. Lugovoy, S. S. Kramarenko, V. Ya. Lykhach
Keywords
Related Articles
- EP ID EP179356
- DOI 10.15421/nvlvet7414
- Views 85
- Downloads 0
Мікробіологічна та споживча характеристика м’ясних посічених напівфабрикатів з додаванням люпинового борошна та дивосилу
На сьогодні, надзвичайно гостро постає проблема екологічно чистого, раціонального, збалансованого харчування. Оскі-льки, концепція сучасного харчування є не просто модною тенденцією, і велінням часу, то доцільно виведен...
Розробка нових продуктів для профілактики дефіциту кальцію
Технологія виготовлення напівфабрикатів, збагачених природним кальцієм, що міститься в шкаралупі курячих яєць, може зайняти досить вагоме місце в асортиментному ряді продуктів профілактичного спрямування, оскільки передб...
Changes in cellular factors of local immunity udder of cows with mastitis
The immunological aspects of lactation of cows are investigated in this work. The authors present modern scientific data on the local immune protection of the mammary gland of cows. The purpose of the research was to imp...
Ризики виникнення африканської чуми свиней на території Житомирської області
Метою і завданням роботи було вивчити епізоотичну ситуацію щодо африканської чуми свиней (АЧС) на території Жито-мирської області, вивчити роль етіологічних чинників, проаналізувати ризики появи нових випадків. При прове...
Розвиток травної системи у курчат-бройлерів за різного рівня селену в комбікормах
Наукові дослідження зарубіжних і вітчизняних учених переконливо довели, що селен є життєво необхідним мікроелементом для сільськогосподарських тварин і птиці з широким спектром біологічної дії. Він виконує в організмі ун...