Genetic polymorphism of the Landrace pig based on microsatellite markers
Journal Title: Науковий вісник Львівського національного університету ветеринарної медицини та біотехнологій імені С.З. Гжицького - Year 2017, Vol 19, Issue 74
Abstract
The aim of this study was to analyze the genetic variability and population structure of the Landrace population by using 12 mi-crosatellite markers. A total of 90 pigs representing one commercial breed (Landrace) were sampled. Twelve microsatellite loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, S0101, SW936 SW911 and S0228) were selected and belong to the list of microsatellite markers recommended by FAO/ISAG. GenAIEx software was used to calculate the allele frequencies, effective number of alleles (Ae), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity, within-population inbreeding estimate (Fis), Shannon’s information index (ISh). Overall allele frequency values ranged from 0.006 to 0.9333 (at allele SW951120). The number of observed alleles (Na) detected ranged from 5 (S0155 and SW911) to 13 (SW72), with an overall mean of 9.00 ± 0.80 and a total of 108 alleles were observed at these loci. However, the effective number of alleles (Ae) ranged from 1.57 (SW951) to 5.49 (SW240) with a mean of 3.29 ± 0.33. Shannon’s information index (ISh) which measures the level of diversity, was sufficiently high – from 0.79 (for SW951) to 2.01 (for SW240) – with a mean of 1.43 ± 0.09. The overall means for observed (Ho) and expected (He) heterozygosities were 0.578 ± 0.009 and 0.662 ± 0.004, respectively, which ranged from 0.307 (SW951) to 0.814 (SW857) and 0.361 (SW951) to 0.818 (SW240), respectively. Of the 12 microsatellites analyzed using Fisher’s exact test, 50% were in Hardy-Weinberg equilibrium, and 6 were out of equilibrium (P < 0.05). Three mutation models namely, infinite allele model (I.A.M.), two phase model (T.P.M.), stepwise mutation model (S.M.M.) were estimated using the BOTTLENECK software. The results are indicated that the Landrace pig population is non-bottlenecked and remained at mutation-drift equilibrium. The study stands first in genetic characterization of the Ukrainian Landrace pig population through microsatellite markers. The various parameters and values used to quantify genetic variability, such as the high mean (and effective) number of alleles and the expected and observed heterozygosities, indicated high genetic variability in the Ukrainian Landrace pigs. The population has not undergone any recent and/or sudden reduction in the effective population size and remained at mutation-drift equilibrium.
Authors and Affiliations
S. I. Lugovoy, S. S. Kramarenko, V. Ya. Lykhach
Keywords
Related Articles
- EP ID EP179356
- DOI 10.15421/nvlvet7414
- Views 91
- Downloads 0
Імунний статус поросят за хіміопрофілактики нематодозно-протозоозної інвазії і застосування пробіотику “Лактовет”
Досліджено імунний статус поросят за хіміопрофілактики нематодозно-протозоозної інвазії і застосування пробіотику “Ла-ктовет”. Для проведення експерименту було сформовано 4 групи поросят по 5 тварин у кожній. Поросятам п...
Холестерин: за і проти
У статті показано значення холестерину як невід’ємної складової кожної клітини організму людини та його роль у здійсненні процесу синтезу, а також вихідної речовини для чоловічих та жіночих статевих гормонів, жовчних кис...
Стан захворюваності риби на бранхіомікоз та сапролегніоз у Рівненській області
Мікозні хвороби є дуже небезпечними, оскільки хворіють всі вікові групи риб різних видів. Летальність досягає до 70%. Захворювання спричиняються мікроскопічними грибами, що відносяться до кількох класів. Оскільки ефектив...
Формування біоплівок на нержавіючій сталі AISI 321, залежно від шорсткості поверхні та початкової кількості Е.сoli
У статті наведено результати досліджень щодо впливу шорсткості поверхні нержавіючої харчової сталі на процес формування біоплівки штамом Esсheriсhia coli АТСС 25299. Для дослідження були використані пластинки з нержавіюч...
Мікроскопічна будова та морфометричні показники грудної і поперекової частин спинного мозку свійського собаки
У статті за використання морфологічних, нейрогістологічних, морфометричних та статистичних методів дослі-джень викладено особливості макро- та мікроскопічної будови спинного мозку грудної і поперекової частин статевозріл...