Opracowanie miniaturowej mikromacierzy DNA do identyfikacji 66 genów wirulencji Legionella pneumophila
Journal Title: Advances in Hygiene and Experimental Medicine - Year 2011, Vol 65, Issue 0
Abstract
Wprowadzenie: Przez ostatnie pięć lat coraz więcej uwagi w Polsce zaczęto poświęcać problemowi infekcji wywoływanych przez bakterie Legionella sp. Ma to związek m.in. z pojawieniem się nowych regulacji prawnych, dotyczących jakości wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi. Było to inspiracją do opracowania testu umożliwiającego oznaczenie wielu genów wirulencji Legionella pneumophila w celu lepszego zrozumienia ich dystrybucji w szczepach środowiskowych i klinicznych. Metoda może być nieocenioną pomocą w skuteczniejszym przewidywaniu ryzyka wywołania choroby przez dany szczep i stanowić nowe narzędzie podczas dochodzeń epidemiologicznych. Materiał/Metody: Mikromacierz bazuje na systemie Array Tubes, zawiera trzy kontrole pozytywne i jedną negatywną. Geny docelowe kodują elementy strukturalne T4SS, białka efektorowe oraz geny wirulencji niezwiązane z systemem sekrecji. Sondy zaprojektowano używając programu OlogoWiz, mikromacierz analizowano z użyciem programu IconoClust. W celu izolacji szczepów klinicznych i środowiskowych zgromadzono próbki BAL i pobrano próbki wody z różnych, niezależnych instalacji ciepłej wody w budynkach użyteczności publicznej. Wyniki: Zaprojektowano i wyprodukowano mikromacierz do identyfikacji 66 genów L. pneumophila biorących udział w patogenezie. Czułość mikromacierzy pozwala na analizę DNA wyizolowanego z pojedynczej kolonii L. pneumophila. Analizowano 7 szczepów środowiskowych, z których dwa różniły się wzorem hybrydyzacji od szczepu referencyjnego. Dyskusja: Prezentowana metoda nie jest czasochłonna i kosztowna. Analiza szczepów środowiskowych wykazała możliwe różnice w obecności genów kodujących białka efektorowe. Dalsze analizy mogą pozwolić na identyfikację genów zwiększających ryzyko wywołania choroby oraz na ocenę zjadliwości szczepów.
Authors and Affiliations
Mariusz Żak, Piotr Zaborowski, Milena Baczewska-Rej, Aleksandra Zasada, Renata Matuszewska, Bożena Krogulska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP66589
- DOI -
- Views 167
- Downloads 0
Cofilin – a protein controlling dynamics of actin filaments
Cofilins are evolutionary conserved proteins present in all Eukaryotic cells. Their primary function is dynamic reorganization of actin cytoskeleton. Two cofilin isoforms are known: cofilin 1, present in all studied non-...
Synthetic lethality as a functional tool in basic research and in anticancer therapy
Nowadays, cancer and anticancer therapy are increasingly mentioned topics. Groups of researchers keep looking for a tool that will specifically and efficiently eliminate abnormal cells without any harm for the normal one...
Mitoksantron – antybiotyk antrachinonowy o aktywności przeciwnowotworowej stosowany w leczeniu stwardnienia rozsianego
Mitoksantron jest lekiem przeciwnowotworowym dopuszczonym do badań klinicznych wtórniepostępującej fazy stwardnienia rozsianego. Liczne doniesienia naukowe wskazują, że MTX w dużychstężeniach indukuje lizę komórek, a w s...
Genetics of congenital anomalies of the kidney and urinary tract
Congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT) occur at a frequency of 1 in 500 live births and are a common cause of renal insufficiency in childhood. CAKUT encompass a wide spectrum of malformations inclu...
Potential pathogens in multiple sclerosis (MS
Multiple sclerosis is a neuroimmunological disease in which etiologic agents have not been identified yet. The etiology of MS is complex in its nature and may involve many different agents acting simultaneously or in a...