Послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2, гомологічна гену afsA S. griseus NBRC 13350
Journal Title: Вісник Українського товариства генетиків і селекціонерів - Year 2015, Vol 13, Issue 1
Abstract
Мета - виявити послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2 гомологічної afsA-гену S. griseus NBRC 13350 та визначити in silico ступені подібності первинної будови визначеної послідовності і afsA-генів інших мікроорганізмів. Методи. Використовували ресурси сервера NCBI (BLAST: blastx, discontiguous megablast) для аналізу in silico бібліотеки контигів S. grlobisporus 1912-2 та Інтернет баз даних. Результати. Виявлено нуклеотидну послідовність S. globisporus 1912-2 (afsA-ген), що детермінує фермент AfsA, яка розташована на Contig 70 (5134 - 6078 п.н.). Встановлена значна гомологія (84 %) первинної будови аналогічних генів S. globisporus 1912-2 та S. griseus NBRC 13350. Тільки у семи штамів стрептоміцетів з 4 родів виявлено послідовності, гомологічні більш 80 % послідовності afsA-гену S. globisporus 1912-2 при ступені їх ідентичності більшої 75 %. Висновки. Встановлено наявність в хромосомі S. globisporus 1912-2 afsA-гену, що детермінує фермент (AfsA), який забезпечує синтез А-факторподібної речовини. Фермент AfsA S. globisporus 1912-2, має типову для ферментів Нot_dog-суперродини архітектуру: утворюються два "hotdog fold" домени з AfsA-родини.Ключові слова: стрептоміцет, нуклеотидна послідовність, гомологія, ген, фермент.
Authors and Affiliations
L. V. Polishchuk
Keywords
Related Articles
- EP ID EP613845
- DOI -
- Views 66
- Downloads 0
Professor Tetyana Mykolaivna Satarova (to the 60th anniversary)
Вміст поліфенольних сполук у нокаутних мутантів Cat2 Arabidopsis thaliana в умовах сольового стресу
Мета. У рослин захисна відповідь на абіотичний стрес охоплює індукцію стресових білків та збільшення вмісту низки захисних метаболітів. На сьогодні роль окремих ізоформ антиоксидантних ферментів у стресовій відповіді та...
Molecular docking study of oligonucleotides with D-mannitol
Aim. Complex of yeast RNA and D-mannitol has a specific antiviral activity. This complex inhibits the neuraminidase and hemagglutinin activity of viruses such as influenza, parainfluenza and thus it blocks virus entry in...
Vitaly Arnoldovych Kordium (to 85th anniversary)
Nucleotide sequences of tRNA-methonine genes of Streptomyces globisporus 1912-2, identified in silico
Aim of this work was to identify nucleotide sequences of tRNAMet of S. globisporus 1912-2. Methods. Resources of server NCBI (programs BLAST: blast, discontiguous megablast and databases: “Genome”, “Nucleotide”) were use...