The False Discovery Rate in Simultaneous Fisher and Adjusted Permutation Hypothesis Testing on Microarray Data
Journal Title: مجله علمی- پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی قم - Year 2019, Vol 13, Issue 6
Abstract
Background and Objectives: In recent years, new technologies have led to produce a large amount of data and in the field of biology, microarray technology has also dramatically developed. Meanwhile, the Fisher test is used to compare the control group with two or more experimental groups and also to detect the differentially expressed genes. In this study, the false discovery rate was investigated in the simultaneous Fisher and adjusted permutation hypothesis testing on microarray data. Methods: In this study, first, false discovery rate was computed through the simulation study and selection of three different modes for the samples of control group and experimental groups, then, these two methods, were applied to 8799 genes related to brain cell of the 29 rats (in three age groups of young, middle-aged, and aged), and the effect of the process of brain aging, was investigated on increased development of the Alzheimer disease. Results: The results showed that the Fisher permutation methods cannot control the false discovery rate, but the adjusted permutation method works better and detects the significant differences more accurately, therefore, the number of false positives decrease in the second method. Conclusion: Considering the results of this study, use of the customary methods such as the Fisher permutation test, which is the base of analyzing biological data in many of the software, do not have suitable efficiency in the large-scale data, including microarray data, and cannot control the false discovery rate, whereas the justified permutation method with better performance in false discovery rate leads to more reliable results.
Authors and Affiliations
Mohsen Salehi, Issac Almasi
Keywords
Related Articles
- EP ID EP634124
- DOI 10.29252/qums.13.6.47
- Views 32
- Downloads 0
فعالیت ضدباکتریایی بذر گیاه رومکس کیپریوس بر اشرشیاکلی و استافیلوکوکوس اورئوس
زمینه و هدف: عفونت‌های سویه‌های اشرشیاکلی و استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم، در بیشتر موارد منشأ بیمارستانی دارند و شیوع آنها در سراسر جهان در حال افزایش است. از این‌رو تلاش‌های بسیاری جهت یافتن ترکیبات فعال گیاهی جدید برای ج...
تأثیر 8 هفته تمرین مقاومتی بر بیان ژن آنزیم‌های‌آنتی‌اکسیدانی‌لنفوسیتی و مانول‌دی‌آلدئید در مردان سالم غیرفعال
زمینه و هدف: برای محافظت بدن در مقابل اثرات مخرب اکسیدان‌ها، موجودات زنده دارای سیستم‌آنتی‌اکسیدانی (آنزیمی و غیرآنزیمی) هستند. این سیستم می‌تواند تحت تأثیر عوامل مختلفی ازجمله تمرینات ورزشی قرار گیرد. تحقیق حاضر...
The Effect of Atorvastatin on Oxidative Stress and Renal Function in Experimental Model of Diabetic Nephropathy
Background and Objectives: Atorvastatin has multiple effects independent of lipid lowering, such as anti-inflammatory and antioxidant. The present study was performed with the purpose of determining the effect of atorvas...
همبستگی بین تیپ شخصیتی D و متابعت از رژیم غذایی کم‌نمک در بیماران مبتلا به نارسایی سیستولیک قلبی
زمینه و هدف: متابعت از رژیم غذایی کم‌نمک، جنبه مهمی از رفتارهای خود‌مراقبتی است که در ارتقای کیفیت زندگی، کاهش میزان بستری مجدد، مرگ و میر و هزینه‌های بهداشتی نقش دارد. این مطالعه با هدف تعیین همبستگی بین تیپ شخصیتی D با...
تأثیر مصرف عسل حاوی باسیلوس کواگلانس بر شاخص‌های التهابی و استرس اکسیداتیو در بیماران مبتلا به نفروپاتی دیابتی
زمینه و هدف: نفروپاتی دیابتی، از عوارض خطرناک دیابت بوده که شیوع نسبتاً بالایی در بیماران دیابتی دارد و سبب نارسایی کلیه می‌شود. هدف از این مطالعه تأثیر مصرف عسل پروبیوتیک بر شاخص‌های التهابی و استرس اکسیداتیو در بیماران...