Vankomisin dirençli enterokok suşlarının rep-PCR yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi (Evaluation of clonal analysis of vancomycin-resistant enterocci strains by rep-PCR method)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 1
Abstract
Amaç: Vankomisin dirençli enterokoklar (VRE), hızlı yayılımları, artan mortaliteri oranları, sınırlı tedavi seçenekleri ve vankomisin direncini daha virulan patojenlere transfer etme olasılıkları nedeniyle önemli nozokomiyal patojenler haline gelmişlerdir. VRE enfeksiyonlarını engellemek için hastanelerde aktif sürveyans yapılmalıdır. Moleküler tiplendirme, sürveyans boyunca bulaş yollarının gösterilmesi için en uygun yöntemdir. Ancak, uygulaması kolay ve tekrarlanabilirliği yüksek tiplendirme metodlarının eksikliği yaşanmaktadır. Hastane salgınlarının belirlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınmasında, kullanım kolaylığı ve hızlı sonuç vermesi ile rep-PCR, hızlı bir tarama metodu sunmaktadır. Bu çalışmada, hastanemizde izole edilen VRE suşlarının rep-PCR (tekrarlanan palindromlara dayalı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Dördü klinik örneklerden, 18’i hasta rektal sürüntü örneklerinden, 26’sı çevre kültürlerinden elde edilen toplam 48 VRE suşu alınmıştır. İzolatların tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 otomatize sistemi (bioMérieux, Fransa) ile değerlendirilmiştir. Klonal analizleri rep-PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Çalışılan 48 VRE suşunun tümü Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. rep-PCR yöntemiyle belirlenen dört klon A, B, C, D grupları olarak isimlendirilmiş ve sırasıyla bu gruplarda 35, 3, 2, 2 suş olduğu tespit edilmiş ve altı izolatın ise hiçbir klonla benzeşmediği görülmüştür. Sonuç: Hastanemizde ilk VRE suşunun izole edildiği 2004 yılından beri hastane enfeksiyonlarını engellemek için riskli kliniklerde sürveyans yapılmaktadır. Ancak daha etkin enfeksiyon kontrolü için bulaş kaynaklarının ve geçiş yollarının kısa sürede gösterilmesi önemlidir. Bu çalışmada, rep- PCR yöntemi ile VRE suşlarının klonal yayılımı gösterilmiştir. Sonuç olarak rep-PCR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilecek ve enfeksiyon kontrol önlemlerine yardımcı olabilecek, hızlı, uygulaması ve değerlendirmesi kolay bir yöntem olduğu düşünülmüştür. Objective: Vancomycin resistant enterococci (VRE) has become an important nosocomial pathogens because of its rapid spread, accelerating mortality rates, limited options for therapy, and the possible transfer of vancomycin resistance to more-virulent pathogens. Active surveillance should be done to prevent VRE infections in hospitals. Molecular typing is most convenient method to show route of transmission during a surveillance. However, easyto- perform, and reproducible typing methods are lacking. In detecting the hospital outbreaks and in taking the control measures, the rep-PCR presents a rapid screening method with its ease of use and rapid turnaround time. In this study, it was aimed to assess the clonal analysis of VRE strains isolated in our hospital with rep-PCR method (repetetive sequence based polymerase chain reaction). Method: A total of 48 VRE strains obtained from four clinical specimens, 18 rectal swab samples and 26 environmental cultures. Identification and antibiotic susceptibility tests of isolates was evaluated by automated Vitek-2 system (bioMérieux, France). Clonal analysis was performed by using rep-PCR (DiversiLab, France) method. Results: All the studied 48 strains were identified as E. faecium. The four clones which were determined by rep-PCR analysis, were named as A, B, C, D and in these groups sequentially the presence of 35, 3, 2, 2 strains were determined and no clonic similarity were observed in the six isolates. Conclusion: The surveillance of VRE in risky clinics has been performed to prevent hospital infection since the first isolation of VRE in our hospital in 2004. However, it is important to show sources of contamination and route of transmission in a short time for more effective infection control. In this study, the clonal spreading of VRE strains with rep-PCR method was demonstrated. As a result the rep-PCR method was considered as a rapid, easyly applied and evaluated method that can be used in epidemiological studies and can help infection control measures.
Authors and Affiliations
Seyit Ahmet BAYIK, İpek MUMCUOĞLU, Şenol KURŞUN, Neriman AKSU
Keywords
Related Articles
- EP ID EP489869
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.94809
- Views 109
- Downloads 0
Antibiotic resistance rates of Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii and Klebsiella pneumoniae isolated from a university-affiliated hospital in North Cyprus (Kuzey Kıbrıs’taki bir üniversite hastanesinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae bakterilerinin antibiyotik direnç oranları)
Objective: Infections caused by resistant gramnegative bacteria to antimicrobials occur at increasing rates. Therefore, routine screening of resistance patterns is crucial for treatment approaches using proper antibiotic...
Ankara’daki çeşitli hastanelerden elde edilen Acinetobacter baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkinin gösterilmesi ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi (Evaluation of clonal relationship between Acinetobacter baumannii isolates and determination of resistance to antibiotics which were obtained from different hospitals in Ankara)
Amaç: Acinetobacter baumannii, özellikle yoğun bakım ünitelerinde mortalite ve morbiditeyi arttıran hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli nedenlerinden biridir. Bu bakteri, pnömoni, bakteriyemi, idrar yolu enfeksiyo...
Surveillance and Control of Invasive Aedes Species in The Eastern Black Sea Area of Turkey (Türkiyenin Doğu Karadeniz Bölgesi’nde istilacı Aedes türlerinin izlenmesi ve kontrolü)
Objective: Invasive mosquito species are a huge problem world-wide and can cause serious mosquito borne disease epidemics. Recent surveys in Europe revealed that many autocthonous cases of chikungunya are related to the...
Molecular typing and investigation of carbapenemases in carbapenem resistant Acinetobacter baumannii isolates (Karbapenemlere dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında moleküler tiplendirme ve karbapenemazların araştırılması)
Objective: In this study, it was aimed to investigate the presence of carbapenemases in carbapenem-resistant A. baumannii strains and their chromosomal or plasmid origin. Methods: Of the total 65 A. baumannii studied, 66...
Bruselloz ve atipik pnömoni şüpheli hastalarda Coxiella burnetii antikor varlığının ELISA ve IFA yöntemleri ile araştırılması (Detection of Coxiella burnetii antibodies in patients with suspicion of brucellosis and atypical pneumonia by ELISA and IFA methods)
Amaç: Query (Q) ateşi, Coxiella burnetii’nin neden olduğu zoonotik bir hastalıktır. Bulaş yolları ve klinik bulguları açısından Bruselloz ile oldukça benzerlik göstermektedir. Ayrıca, C. burnetii önemli bir atipik pnömon...