Визначення поліморфних варіантів фрагментів ДНК збудників хламідій-них інфекцій сільськогосподарських тварин
Journal Title: Науковий вісник Львівського національного університету ветеринарної медицини та біотехнологій імені С.З. Гжицького - Year 2017, Vol 19, Issue 73
Abstract
Проведено біоінформаційні дослідження 411 первинних нуклеотидних послідовностей ДНК чотирьох збудників хламі-дійних інфекцій сільськогосподарських тварин (Chlamydia abortus, Chlamydia pecorum, Chlamydia pneumoniae та Chlamydia suis) отриманих із міжнародних електронних баз даних «GenBank» та «PubMed». Метою досліджень було проведення біоінформаційного вирівнювання нуклеотидних послідовностей різних генів для визначення поліморфних ділянок ДНК бак-терій роду Chlamydia, які викликають захворювання у великої та дрібної рогатої худоби, коней та свиней, що є базовими для конструювання олігонуклеотидних праймерів молекулярно-генетичних тест-систем здатних диференціювати означені збудники за видами. При цьому визначено, що найвищий рівень варіабельності, який складає 97,1%, має ген, що кодує основ-ний мембранний білок хламідій (МОМР). Методом вирівнювання первинних послідовностей означеного гену, за допомогою комп’ютерних програм «MEGA4» та «MEGA7», визначено поліморфні фрагменти нуклеотидних послідовностей ДНК C. abortus, C. pecorum, C. pneumoniea та C. suis. Перевірку специфічності поліморфних фрагментів, визначених для кожно-го із чотирьох видів хламідій з нуклеотидними послідовностями мікроорганізмів як умовно патогенних, так і збудників інших інфекцій, проводили за допомогою комп’ютерної онлайн-програми «Blast». Поліморфні фрагменти гену, що кодує МОМР означених бактерій роду Chlamydia будуть використані при розробленні дизайну олігонуклеотидних праймерів тест-систем для індикації і видової диференціації збудників хламідійних інфекцій сільськогосподарських тварин у полімеразній ланцюговій реакції.
Authors and Affiliations
М. В. Корнієнко, І. М. Ксьонз
Keywords
Related Articles
- EP ID EP178686
- DOI 10.15421/nvlvet7314
- Views 108
- Downloads 0
Фізико-хімічні показники води за різних способів напування товарного молодняку песця блакитного (Vulpes logopus)
В статті подані результати дослідження фізико-хімічних параметрів води за різних способів напування товарного молодняку блакитного песця. Дослідження проводилися у приватній звірофермі Хмельницької області на 500 матках...
Вміст мінеральних елементів в урожаї одновидових посівів багаторічних трав та їх травосумішок
На даний час однією з найменш затратних можливостей відновлення еродованих земель є сівба трав для виробництва дешевих якісних кормів адаптованих до відновлювальних ґрунтово-кліматичних умов. Подано результати досліджень...
Резистентність ізольованих із зубної бляшки собак бактерій до антибіотиків
Зубна бляшка є біотопом ротової порожнини, у якій мікрофлора існує у двох варіантах: пристінкова і порожнинна (планк-тонна). Вона представляє біоплівку, в якій асоціацій мікроорганізмів зібрані в мікроколонії, які оточен...
Значення та доцільність застосування пробіотиків
У статті обґрунтовано значення, принцип дії пробіотиків, мету їх застосування, механізми лікувально-профілактичної дії, ефективність використання пробіотичних препаратів і доцільність їх застосування. Відомо, що ідеальни...
Дослідження процесу гідроструминної водополімерної обробки харчових продуктів різанням
Досліджували закономірності процесу гідрорізання харчових продуктів з метою підвищення його ефективності шляхом модифікації робочої рідини. Вплив відстані від зрізу сопла до поверхні харчового продукту на глибину різу ви...