Застосування високопропускного віртуального скринінгу в Грід для пошуку нових інгібіторів тубуліну фітопатогенних грибів
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Мета. Відібрати нові перспективні інгібітори тубуліну фітопатогенних грибів за допомогою високопропускного віртуального скринінгу в Грід. Методи. Моделювання просторової структури цільових білків (I-Tasser, Грід) і лігандів, створення і скринінг віртуальних бібліотек (UCSF Dock 6, Грід), молекулярний докінг (CCDC Gold), обрахунок молекулярної динаміки (Gromacs, Грід). Результати. Побудовано 240 3D‑моделей молекул тубуліну 82 α-, 111 β- і 47 γ-тубуліну, що належать 62-м видам фітопатогенних грибів. Встановлено, що похідні імідазолу мали найбільшу спорідненість з молекулами α- і β-тубуліну. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ‑тубуліну фітопатогенних грибів найбільшою потенціальною мішенню фунгіцидів є сайт зв’язування таксолу молекул β-тубуліну. Відібрано 50 речовин-лідерів, що мають спорідненість із ГТФ/ГДФ-обмінним сайтом (23 сполуки) і сайтом зв’язування таксолу (27 сполук). Висновки. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ-тубуліну фітопатогенних грибів найбільший потенціал має сайт зв’язування таксолу на поверхні молекул β‑тубуліну. Найбільша спорідненість була визначена для похідних імідазолу F0478‑0219, F0478-0166 і β-тубуліну Puccinia graminis f. sp. tritici, а також F0478-0385 і β‑тубуліну Magnaporthe oryzae. Ключові слова: фітопатогенні гриби, фунгіциди, тубулін, віртуальний скринінг, Грід.
Authors and Affiliations
П. А. Карпов, О. М. Демчук, О. В. Раєвський, С. П. Ожерєдов, С. І. Співак, Д. О. Самофалова, Я. Б. Блюм
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618805
- DOI -
- Views 62
- Downloads 0
Геном як вища інформаційна характеристика біологічних видів
Мета. Виходячи з сучасних досягнень біологічних наук, обґрунтувати поняття геному як вищої інформаційної характеристики біологічних видів. Методи. Вивчення й аналіз спеціальних наукових літературних джерел, у яких для ви...
Origin, domestication and dog breeds
Aim. Out of 8 thousand species of mammals, dog is the first domesticated animal. Archaeologists studying the process of human evolution and producing excavations of ancient sites, found the bones of animals, which man at...
Aspects of the study of multi-level mechanisms of human adaptation to the extreme conditions of Antarctica
Aim. Study of mechanisms of adaptation of organism functions, including molecular genetic level, to extreme conditions of professional activity in Antarctica. Methods. Survey of Antarctic winterers with clinical, functio...
Effect of short-term cold stress on flavonoid accumulation in Artemisia vulgaris and Artemisia annua “hairy” root cultures
Aim. The aim of the work was to investigate the effect of short-term cold stress (+10°С) on the growth, flavonoid synthesis and antioxidant activity in Artemisia vulgaris L. and A. annua L. “hairy“ root culture...
EXPERIMENTAL MUTAGENESIS OF THE VEGETABLE MAIZE
Aim. Mutation is the expansion of the genetic diversity of corn, which is the original material selection in the practice of this culture. The purpose of our work was getting lines of vegetable maize with genetic mutatio...