Застосування високопропускного віртуального скринінгу в Грід для пошуку нових інгібіторів тубуліну фітопатогенних грибів
Journal Title: Фактори експериментальної еволюції організмів - Year 2018, Vol 22, Issue
Abstract
Мета. Відібрати нові перспективні інгібітори тубуліну фітопатогенних грибів за допомогою високопропускного віртуального скринінгу в Грід. Методи. Моделювання просторової структури цільових білків (I-Tasser, Грід) і лігандів, створення і скринінг віртуальних бібліотек (UCSF Dock 6, Грід), молекулярний докінг (CCDC Gold), обрахунок молекулярної динаміки (Gromacs, Грід). Результати. Побудовано 240 3D‑моделей молекул тубуліну 82 α-, 111 β- і 47 γ-тубуліну, що належать 62-м видам фітопатогенних грибів. Встановлено, що похідні імідазолу мали найбільшу спорідненість з молекулами α- і β-тубуліну. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ‑тубуліну фітопатогенних грибів найбільшою потенціальною мішенню фунгіцидів є сайт зв’язування таксолу молекул β-тубуліну. Відібрано 50 речовин-лідерів, що мають спорідненість із ГТФ/ГДФ-обмінним сайтом (23 сполуки) і сайтом зв’язування таксолу (27 сполук). Висновки. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ-тубуліну фітопатогенних грибів найбільший потенціал має сайт зв’язування таксолу на поверхні молекул β‑тубуліну. Найбільша спорідненість була визначена для похідних імідазолу F0478‑0219, F0478-0166 і β-тубуліну Puccinia graminis f. sp. tritici, а також F0478-0385 і β‑тубуліну Magnaporthe oryzae. Ключові слова: фітопатогенні гриби, фунгіциди, тубулін, віртуальний скринінг, Грід.
Authors and Affiliations
П. А. Карпов, О. М. Демчук, О. В. Раєвський, С. П. Ожерєдов, С. І. Співак, Д. О. Самофалова, Я. Б. Блюм
Keywords
Related Articles
- EP ID EP618805
- DOI -
- Views 48
- Downloads 0
Intravarietal intron-length polymorphism of β-tubulin genes in belorussian landraces of Linum usitatissimum L.
Aim. The aim of the work was to evaluate the possibilities of using the β-tubulin intron length (TBP, Tubulin Based Polymorphism) for genetic differentiation of ancient flax varieties (landraces), plants that was hi...
Description of genetic polymorphism and cytological stability of Avena sativa L., Avena sterilis L. and their interspecies hybrids
Aim. A study of cytological stability and genetic polymorphism of SSR loci in Avena sativa L., Avena sterilis L. and their interspecies hybrids. Methods. Interspecific hybridization in combination with cytological and mo...
Оптимізація методу ChIP для дослідження регуляції генів-мішеней канонічного ВНТ сигналінгу у новонародженому серці
Мета. Метою нашої роботи було оптимізувати метод хроматинімунопреципітації (ChIP) з наступною валідацією із застосуванням ПЛР у реальному часі для аналізу функції b-катеніну та плакоглобіну у регуляції експресії генів-мі...
Фенотипічний поліморфізм Harmonia axiridis Pall. як інвазійного виду на території села Велика Чернеччина Сумського району Сумської області
Мета. Вивчено особливості фенотипічного поліморфізму Harmonia axyridis Pall. за рисунком пронотума та елітер імаго як інвазійного виду на території села Велика Чернеччина Сумського району Сумської області. Методи. Збір і...
АКАДЕМІК АНДРІЙ ОПАНАСОВИЧ САПЄГІН (ДО 135-РІЧЧЯ ВІД ДНЯ НАРОДЖЕННЯ)
The main biographical data on the life and creative path of Academician AO Sapevin – an outstanding scientist, talented teacher and organizer of science, the pioneer of the leading areas of genetics and selection. Keywor...