Molecular Mechanics Simulation and Ftir Spectrocopy Optimization of Secondary Structure of Aβ (25-35) Peptide
Journal Title: Scientific Work - Year 2024, Vol 18, Issue 9
Abstract
Abstract In this study, we probed the secondary structure of a soluble Aβ (25-35) peptide in water solution by applying a molecular mechanics method as well as infrared spectroscopy. We have used Fourier Transformed Infrared Spectroscopy (FTIR) to examine the secondary structure of this peptide. The amide I bands of Ab (25-35) obtained from transmission-FTIR spectra consists of one main band at 1658 cm-1, at both concentrations used (200 mM and 1 mM). This band shows us that Ab (25-35) in aqueous solution was mostly organized into a a-helical structure (48 %). The contribution of the unordered structure was found to be about 12 %. The proportion of b-sheet and b-turn structures are slightly lower, 12-15 % and 13-14 %, respectively for both concentrations. FTIR spectra of the peptide in water solution (100 µM) after incubation for 12h showed Aβ peptide conformation is critically dependent on the environmental conditions used. The simulation approach reveals that the C-terminal octapeptide of this molecule preferably adopts an α-helical structure, while the N-terminal tripeptide may exist as a β-turn and unordered structures.
Authors and Affiliations
Gulyaz Najafova French-Azerbaijani University (UFAZ) under the Azerbaijan State Oil and Industry University Ph. D. student Gulshan Aghayeva Scientific Research Institute of Physics Problems at Baku State University
Keywords
Related Articles
- EP ID EP747388
- DOI 10.36719/2663-4619/106/45-52
- Views 26
- Downloads 0
HƏYAT SIĞORTASININ KORPORATİV FƏALİYYƏTƏ TƏSİRİ
Xülasə Həyat sığortası siyasətlərinin biznesə inteqrasiyasının maliyyə təsirlərini başa düşmək üçün bu tədqiqat həyat sığortası ilə korporativ performans arasında mürəkkəb əlaqəni araşdırır. Məqalə iqtisadi nəzəriy...
ANALYSIS OF THE LISBON TREATY: HOW DOES THE LISBON TREATY REFORM EU INSTITUTIONS
Abstract The signing of the Lisbon Treaty is indeed a vital event for the European Union, main international actors and global powers. This article focuses on the main institutional changes of the EU after the entry i...
KİMYANIN TƏDRİSİ PROSESİNDƏ ŞAGİRDLƏRİN ELMİ-TƏDQİQAT FƏALİYYƏTİNİN TƏŞKİLİNİN XÜSUSİYYƏTLƏRİ
Xülasə Məqalədə kimyanın tədrisi prosesində şagirdlərin elmi-tədqiqat fəaliyyətinin təşkilinin xüsusiyyətləri araşdırılmış, eksperiment nəticəsində əldə edilmiş faktların təhlili, onların nəzəri izahı və ümumiləşdiril...
AZƏRBAYCAN RESPUBLİKASININ ÜTT-YƏ ÜZVLÜYÜNÜN FAYDA VƏ RİSKLİ TƏRƏFLƏRİNİN QİYMƏTLƏNDİRİLMƏSİ
Xülasə İkinci dünya müharibəsindən sonra meydana gələn vəziyyətdən qurtulmağa çalışan bir çox ölkə azad ticarət təcrübələrini həyata keçirməyi seçmişdir. Bu istiqamətdə həyata keçirilən araşdırmalar və tətbiqlər zaman...
INSTRUMENTS USED FOR COUNTING HYDROBIONTS
Abstract The article discusses the tools used to count hydrobionts. In addition, the research works conducted in this field have been widely investigated. The opinions of various hydrobiological scientists in this fie...